在设立公司的时候，有两份文件，往往内容交叉，重复，但二者又是独立的，这就是公司设立协议与公司章程。
公司设立协议指公司设立过程中由发起人订立的关于公司设立的协议。公司章程指公司投资者制定的，对公司、公司股东、公司管理者具有约束力调整公司内部组织行为与经营行为的自治规则。
《公司法》对于公司设立协议并没有强制性规定，也就是说不是设立公司的法定要件，但在实践中，发起人在设立公司以前就设立公司的目的、未来的运营方式、治理结构、资本结构、费用及分担、违约责任，需要由谈判，最后达成一致意见，共同签订设立协议。由此不难看出，这份协议属于普通的民事行为，属于合同范畴。
《公司法》第11条第1款规定，设立公司必须依法制定公司章程，是法定行为，是必须要件，不仅体现股东合意，也要符合法律规定，具有法律规范性质。
公司设立协议自全体发起人签字盖章之日起生效，通常通常情况下，公司正式成立之日起，也就是说营业执照签发之日起，公司设立协议失效。公司章程在公司成立之日起，对公司、公司股东、管理者便具有普遍约束力，效力直到公司注销之日起失效。
公司设立协议具有合同性质，受《民法典》《合同法》调整，在协商一致不违反法律、法规强制性规定下即可修改。公司章程根据《公司法》的规定，修改公司章程需要具备一定的条件及遵守一定的程序。根据第43条第2款的规定，股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。而股份公司修改公司章程，《公司法》第103条第2款规定，股东大会作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。
当二者在实践中发生条款冲突时，应当先区分内外部关系，若是外部关系，优先适用公司章程，如果是内部关系，应当考虑是否有优先适用条款，若是没有，应当充分尊重股东真实意思的合意。
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