口蹄疫病毒基因组由大约8500个核苷酸组成的单链线状RNA组成。从5'末端大约2000bp开始为病毒蛋白编码区。编码结构蛋白VP4、VP2、VP3和VP1的基因片段分别命名为1A、1B、1C和1D(跨越第2000-4000bp)。
病毒粒子直径为23~25nm,呈圆形或六角形,由60个结构单位构成20面体。所含核酸为RNA,全长8.5kb。病毒由中央的核糖核酸核芯和周围的蛋白壳体所组成,无囊膜,成熟病毒粒子约含30%的RNA,其余70%为蛋白质。其RNA决定病毒的感染性和遗传性,病毒蛋白质决定其抗原性、免疫性和血清学反应能力,并保护中央的RNA不受外界核糖核酸酶等的破坏。
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