2018年3月，根据中共中央印发的《深化方案机构改革党和国家》改革国税地税征管体制。国税地税机构合并后，实行以国家税务总局为主与省 (自治区、直辖市)政府双重领导管理体制。税务总局系统分为四级，包括国家税务总局、省(自治区、直辖市)国家税务局、地(市、州、盟)国家税务局，以及县(市、旗)国家税务局。对企业开展检查的部门不一定只是市、区级税务局，省税务局和国家税务总局也可能会对其进行检查。
税务总局下设15个内设机构，分别是办公厅、政策法规司、货物和劳务税司、所得税司、财产和行为税司、国际税务司、纳税服务司、社会保险费司（非税收入司）、收入规划核算司、纳税服务司、征管和科技发展司、大企业税收管理司、稽查局、财务管理司、督察内审司、人事司。
其中，税务稽查局扮演着至关重要的角色。税务稽查并非一刀切，而是有针对性和指向性的。对于大税源企业而言，每五年将受到税务局的检查，因为税务部门对享受研发费用加计扣除优惠政策的企业会定期开展核查，年度核查面不得低于20%。风险等级分类涵盖了风险等级一: 风险预警；风险等级二: 风险核查；风险等级三、四: 纳税评估、自查检查；风险等级五: 税务稽查的全覆盖。如果风险等级低，比如触发税务风险预警，企业只需要根据风险点写自查报告，税务局如果认可，就不会来稽查，如果不认可，税务局就会成立稽查小组下户进行稽查。如果风险等级比较高，就会推送到稽查。
税务稽查工作的案源信息来源多样，案源信息的来源不同，将案源分为九种类型: (一) 推送案源； (二) 督办案源 (上级机关办西形式有时间限定要求)；(三) 交办案源(上级机关交办) ； (四) 安排案源 《根据上级税务局安排的随机抽查计划和打击偷税(逃避缴纳税款)，逃避追缴欠税、骗税、抗税、虚开发票等增查任务，对案源德息进行分析选取的案源)；(五) 自选案源(本级税务) ；(六) 检举案源:；(七) 协查案源； (八) 转办案源(是指对公安、检察、审计、纪检监察等外部单位以及税务局督察内审、纪检监察等部门提供的悦收违法线索进行识别判断确认的案源) ；(九) 其他案源。
对于税务风险的管理，税务部门通过智能预警体系，对多项数据来源进行比对、评估，实现了对纳税人风险的智能识别和分类。不同风险等级采取了相应的处理方式，包括纳税人自查、税务核查、稽查等手段，以确保税收的合规征收和社会的税收秩序。
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