唐代伊娄河开筑后，大运河通过伊娄河从瓜洲入江，长江北岸渡口改设于瓜洲，与南岸西津渡相对，瓜洲渡由此形成，瓜洲成为南北襟喉之处。
据清代徐松《宋会要辑稿·方域（一三）》记载，宋元时期，瓜洲渡是由官府直接管辖的官渡。“淳熙二年十二月二十日，诏自今扬州瓜洲渡、镇江府西津渡，并令本处巡检兼监渡，仍于衔内带入，依旧侍右使阙差注”。“六年正月二十六日，知镇江府司马伋言：镇江府沿江一带私渡烦多，除西津关瓜洲岸系官渡外…四月二日，准南运判徐子寅言：扬州沿江官私渡共五十四处，内瓜洲渡系官监”。元代官府要求“路、县正官十日一次，分轮提调，亲诣渡口，点检禁约，民间小船不得私渡”。
瓜洲古渡的鼎盛辉煌时期在明清两代。明宣德至景泰年间(1426一1456)，是瓜洲渡建设史上的一个重要时期。这一时期，巡抚待郎周忱打造了两艘往来于瓜洲与镇江之间的巨舰，瓜洲士民还捐资重建了一道码头石堤。明礼部尚书胡淡写有《瓜洲西津渡重建马头石堤记》。2009年春天，镇江市考古人员在对镇江西津渡码头进行考古作业时，出土了一块明代石碑，碑上刻有“瓜洲马头新建石堤记”。该石碑的出土，见证了瓜洲古渡的重要性以及官府对瓜洲渡码头建设的重视，说明瓜洲在明代是重要的水上枢纽。
镇江博物馆馆藏明代《瓜洲镇图》，成图年代大约在明万历二十二年（1594)至二十六年(1598)之间。图中显示，在大观楼及便益门外侧，有一方向南伸展成半岛型的陆地，并且其间自南向北分布有三组建筑，依次标为龙王庙、巡司、总铺。位于便益门外的半岛即明代瓜洲渡之所在，而其间分布的龙王庙、巡司、总铺，正是大型渡口常见的设施，集宗教、治安、驿传于一体。明代地图上的瓜洲渡口所标为“总铺”，表明瓜洲渡口的重要地位。嘉庆《瓜洲志》记载：“瓜洲渡，在便益门外江口，与镇江相对渡江处。”
清王朝对瓜洲渡的建设和保护尤为重视。康熙、乾隆两帝六下江南，督促江南河工海防的建设是其重要目的之一。清康熙年间(1662一172)开始，长江江溜北徙，瓜洲处顶冲地位，江岸开始塌陷，康熙皇帝下旨责成修堤保护。清乾隆元年(1736)，瓜洲城护城堤开始坍陷，乾隆皇帝屡下圣旨，忧心仲忡。清光绪二十一年(1895)，瓜洲全城坍于大江。
二十世纪六七十年代，为建瓜洲水利枢纽工程，辟出一座新的小岛。1975年瓜洲闸建成的时候，小岛也建成园林风景区一瓜洲古渡公园。
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