“三年化疫”见于《素问遗篇·刺法论》：“天地迭移，三年化疫，是谓根之可见，必有逃门。”
病因：三虚感邪
何谓三虚?
《素问·至真要大论》云：“所谓感邪而生病也。乘年之虚，则邪甚也。失时之和，亦邪甚也。遇月之空，亦邪甚也。重感于邪，则病危矣。有胜之气，其必来复也。”
《灵枢·岁露论》云：“乘年之衰，逢月之空，失时之和，因为贼风所伤，是谓三虚。”
《素问遗篇·本病论》云：“人气不足，天气如虚，人神失守，神光不聚，邪鬼干人，致有夭亡，可得闻乎？岐伯曰∶人之五脏，一脏不足，又会天虚，感邪之至也。人忧愁思虑即伤心，又或遇少阴司天，天数不及，太阴作接间至，即谓天虚也，此即人气天气同虚也。又遇惊而夺精，汗出于心，因而三虚。”
可见，《素问遗篇》所论三虚与《素问》《灵枢》不同，《素问遗篇》所论三虚，即天虚、脏虚、精虚。出现三虚后，人再感疫邪，则谓三虚致疫。
病机：刚柔失守，三年化疫
何谓刚柔失守?刚柔的概念在《内经》中有不同的意义，本书在前已作论述。
《素问·天元纪大论》云：“太虚寥廓，肇基化元，万物资始，五运终天，布气真灵，总统坤元，九星悬朗，七曜周旋，曰阴曰阳，曰柔曰刚，幽显既位，寒暑弛张，生生化化，品物咸章。”王冰：阴阳，天道也。柔刚，地道也。天以阳生阴长，地以柔化刚成也。易曰：“立天之道，曰阴与阳。立地之道，曰柔与刚。”
《素问遗篇·刺法论》云：“刚柔二干，失守其位。”刚柔明确为干，刚为太过，柔为不及，阳干为刚，阴干为柔。张景岳指出：“十干五运，分属阴阳。阳干气刚，甲、丙、戊、庚、壬也。阴干气柔，乙、丁、己、辛、癸也。故曰刚柔二干。”
王冰《玄珠密语·五运元通纪》云：“故运者，丁壬木运，即壬主刚，丁主柔，刚为太过，柔为不及，太过即木气伤土，不及即自衰，自衰即反受金刑。戊癸火运，即戊主刚，癸主柔，刚为太过，柔为不及，太过即火气伤金，不及即反受水刑。甲己土运，即甲主刚，己主柔，刚为太过，柔为不及，太过即土气伤水，不及即反受木刑。乙庚金运，即庚主刚，乙主柔。刚为太过，柔为不及，太过即金气伤木，不及即反受火刑。丙辛水运，即丙主刚，辛主柔，刚为太过，柔为不及，太过即水气伤火，不及即反受土刑。此者是运气之刚柔盛衰之意者也。”
作者考证认为，《素问遗篇》为刘温舒所作，其对刚柔的认识和理解，显然是受到了王冰的影响。
导致三年化疫的病机是刚柔失守，上刚干失其位，下柔干不能独主，中运不能执法，天地不和，天运失序，三年后变大疫。
如《素问遗篇·刺法论》云：“刚柔二干，失其守位。……天地迭移，三年化疫”。又云：“假令丙寅刚柔失守，上刚干失守，下柔不可独主之，中水运非太过，不可执法而定之。布天有余，而失守上正，天地不合，即律吕音异，如此即天运失序，后三年变疫。”
发病特点
《素问遗篇·刺法论》云：“五疫之至，皆相染易，无问大小，病状相似。”说明疫病的发生具有流行性、传染性、不分老幼、症状相似。
治法
1
刺法与调养
假如甲子后三年变金厉，“详其微甚，察其浅深，欲至而可刺，刺之当先补肾俞，次三日，可刺足太阴之所注。”（《素问遗篇·刺法论》）。
假如丙寅后三年变水厉，刺法同上。
假如庚辰后三年变金厉，刺“当先补肝俞，次三日，可刺肺之所行。刺毕，可静神七日，慎勿大怒，怒必真气却散之。”（《素问遗篇·刺法论》）。
假如壬午年后三年变木厉，“当刺脾之俞，次三日，可刺肝之所出也。刺毕，静神七日，勿大醉歌乐，其气复散，又勿饱食，勿食生物，欲令脾实，气之滞饱，无久坐，食无太酸，无食一切生物，宜甘宜淡”。（《素问遗篇·刺法论》）。
假如戊申后三年变火厉，“当刺肺之俞。刺毕，静神七日，勿大悲伤也。”（《素问遗篇·刺法论》）。
2
意念调气法
《素问遗篇·刺法论》云：“避其毒气，天牝从来，复得其往，气出于脑，即不邪干。气出于脑，即室先想心如日，欲将入于疫室，先想青气自肝而出，左行于东，化作林木；次想白气自肺而出，右行于西，化作戈甲；次想赤气自心而出，南行于上，化作焰明；次想黑气自肾而出，北行于下，化作水；次想黄气自脾而出，存于中央，化作土。五气护身之毕，以想头上如北斗之煌煌，然后可入于疫室。”
3
其他治法
如吐气纳气法，药浴汗泄法，服小金丹法等。
预防
预防要做到保养脏腑，修养和神，顺天应道。
《素问遗篇·刺法论》云：“不相染者，正气存内，邪不可干，避其毒气。……治之可刺……凡此十二官者，不得相失也。……非治疾也，故要修养和神也。道贵常存，补神固根，神气不散，神守不分。”
《素问遗篇·本病论》云：“得守者生，失守者死。得神者昌，失神者亡。”
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