文献阅读：单细胞分析显示了BCG注射疫苗的小鼠模拟管状脑膜炎感染的变化

摘要：好像说了些什么，又好想没说啥

小鼠结核性脑膜炎模型及单细胞转录组测序

TBM：结核性脑膜炎

TBM组：肺结核减毒活疫苗注射到大脑

Control组：PBS注射到大脑

测序组织：whole-brain tissue

ependymal cells 、macrophages、microglia 差异基因最多，与macrophages 、microglia 在神经神经炎症的功能一致。

不区分细胞类型，类似pseudoBulk 看TBM与Control间的差异基因，有许多免疫基因，免疫因子上升，说明TBM整体免疫激活。

chemokines and receptors在choroid plexus epithelia cells、microglia中差异表达

外部GEO数据，验证大部分单细胞中差异的免疫基因在TBM组上升

因为macrophages 、microglia 在神经神经炎症中有重要作用所以研究他们。

先对比两种细胞的差异基因数量，交集差异基因数量

对比两种细胞差异基因富集通路数量差异

macrophages、microglia细胞转录因子与差异基因取交集，得到Stat1、IRF1两个共有的差异转录因子，而且这两个转录因子共有的靶基因参与免疫反应。

GSEA和GSVA富集代谢基因集，发现TBM组中大部分细胞类型代谢下降，尤其是神经细胞中氧化磷酸化水平被抑制。

神经细胞特异的差异基因富集到代谢改变的通路印证了以上结果。

SCENIC转录因子分析得到7个转录因子，2个网络，第一个网络包括免疫反应基因，第二个网络包括氧化磷酸化相关神经退行性变相关基因。

ependymal cells：室管膜细胞属于纤毛上皮神经胶质细胞ciliated-epithelial glial cells，功能包括维持脑脊液稳态、大脑代谢、细胞运输、炎症反应、金属离子调节。

ependymal cells中TBM与对照组间大脑代谢、细胞运输、炎症反应、金属离子调节等功能相关基因表达差异。

ependymal cells中TBM 与对照差异基因富集到金属离子调节、细胞运输等通路

SCENIC转录因子分析，构建了蛋白运输、金属离子调节两个网络

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