枯草芽孢杆菌是一种新型的微生物源生物农药。枯草芽孢杆菌在防治水稻、小麦、花生、番茄、辣椒、大豆、玉米等作物上的病害有较好的效果，特别是针对小麦白粉病、赤霉病、纹枯病等病害的防治效果更佳，田间增产率更是达到了10%~50%。
枯草芽孢杆菌对水产养殖中的弧菌、大肠杆菌和杆状病毒等有害微生物有很强的抑制作用,能分泌大量几丁质酶,分解养殖池中的有毒有害物质,净化水质,同时能分解池中的残饵、粪便、有机物等,具有很强的清理水中垃圾小颗粒的作用。枯草芽孢杆菌也被广泛应用在饲料中，它具有较强的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶活性，能促进饲料中营养素的降解，使水产动物对饲料的吸收利用更加充分。
枯草芽孢杆菌可以减少对虾病害发生，可以大大提高对虾产量，从而提高经济效益，生物环保，刺激水产动物免疫器官的发育，增强机体免疫力；减少对虾病害发生，明显提高对虾产量，从而提高经济效益，净化水质，无污染，无残留。
枯草芽孢杆菌通过成功定殖至植物根际、体表或体内，与病原菌竞争植物周围的营养，分泌抗菌物质以抑制病原菌生长，同时诱导植物防御系统抵御病原菌入侵，从而达到生防的目的。枯草芽孢杆菌主要可以抑制由丝状真菌等植物病原菌所引起的多种植物病害。现报道的从作物的根际土壤、根表、植株及叶片上分离筛选出的枯草芽孢杆菌菌株对不同作物的众多真菌和细菌病害具有拮抗作用。如粮食作物中的水稻纹枯病、稻瘟病，小麦纹枯病，豆类根腐病。蔬菜病害中的番茄叶病、枯萎病，黄瓜枯萎病菌、霜霉病，茄子灰霉病和白粉病，辣椒疫病等。枯草芽孢杆菌还可以控制采后水果的多种疫病如苹果霉心病，柑橘青霉病，油桃褐腐病，草莓灰霉病和白粉病，香蕉枯萎病、冠腐病、炭疽病，苹果梨青霉病、黑斑病、溃疡病，金花梨果腐病。此外枯草芽孢杆菌对杨树溃疡病、腐烂病、树黑斑病 及炭疽病，茶轮斑病，烟草炭疽病、黑胫病、赤星病菌、根腐病，棉花立枯病、枯萎病等也有较好的防治作用。
枯草芽孢杆菌是动物饲料中常添加的益生菌种，它以芽孢的形式添加于动物饲料中。芽孢是处于休眠状态的活细胞，能够耐受饲料加工过程中的不良环境，制备成菌剂后稳定且易存储，并且在进入动物肠道后能够迅速复苏和繁殖。枯草芽孢杆菌在动物肠道中复苏增殖后就可发挥其益生特性，包括改善动物肠道菌群、增强机体免疫力以及提供多种动物所需的酶类等，可以弥补动物体内源酶的不足，促进动物的生长发育，具有显著的益生作用。
枯草芽孢杆菌分泌的多种胞外酶已应用到许多不 同领域中，其中脂肪酶和丝氨酸纤溶蛋白酶( 即纳豆激酶)被广泛应用于医药行业。脂肪酶具有多种催化能力，其在动物或人体的消化道中与原本存在的消化酶类共同发挥作用，使消化道处于健康的平衡状态。纳豆激酶是纳豆枯草芽孢杆菌分泌的一种丝氨酸蛋白酶，该酶具有溶解血栓、改善血液循环、软化血管以及增加血管弹性等作用。
枯草芽孢杆菌可以作为微生物调节剂，起到改善水质、抑制有害微生物的作用，能够创造优良的水生生态环境。水产养殖的水体由于长期高密度养殖动物，有大量的饵料残余、动物残骸和粪便沉积等污染物积累，容易引起水质恶化进而危害养殖动物的健康，甚至削减产量引起亏损，对水产养殖业的可持续发展危害巨大。而枯草芽孢杆菌可以定殖在水体中，并通过营养竞争或空间位点竞争形成优势菌群，抑制有害病原菌(如弧菌、大肠杆菌)等有害微生物在水体中的生长繁殖，从而改变水体和底泥中的微生物数量和结构，有效预防水产动物因水质恶化而引起的疾病。同时，枯草芽孢杆菌作为一种可以分泌胞外酶的菌种，其分泌的多种酶类能够有效分解水体有机物，改善水质。例 如，枯草芽孢杆菌产生的活性物质几丁质酶、蛋白酶和脂肪酶等，可以分解水体中的有机物，降解动物饲料中的营养素，不但使动物充分吸收和利用饲料中的营养物质，而且能大大改善水质;枯草芽孢杆菌还能调节养殖水体的pH值。
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