大家好，今天给大家解析一篇细胞瘤的文章，题为LncRNA DSCAM-AS1 interacts with YBX1 to promote cancer progre ssion by forming a positive feedback loop that activates FOXA1 transc ription network，主要想向大家解析的是文章的发现和科研思路，帮助我们去发现有意义的科学问题。
01
研究背景
叉头盒A1（FOXA1）是乳腺癌，肺癌和前列腺癌发生和发展的关键转录因子。以前关于FOXA1转录网络的研究主要集中在蛋白质编码基因上。其长非编码RNA（lncRNA）的调控网络及其在FOXA1致癌活性中的作用仍然未知。
癌症基因组图谱（TCGA）数据，RNA-seq和ChIP-seq数据用于分析FOXA1调节的lncRNA。采用RT-qPCR检测DSCAM-AS1的表达，采用RT-qPCR和蛋白质印迹法测定FOXA1、雌激素受体α（ERα）和Y盒结合蛋白1（YBX1）的表达。采用RNA下拉和RIP-qPCR研究了DSCAM-AS1与YBX1之间的相互作用。通过体外和体内测定检查DSCAM-AS1对恶性表型的影响。
见图一
见图1鉴定谱系特异性FOXA1调控的lncRNA。
图一
( A ) FOXA1在癌症基因组图谱正常样本和肿瘤样本中的表达水平。每个点代表一个组织样本。
( B )肿瘤细胞系百科项目中FOXA1的表达水平。每个点代表一个细胞系。
( C )筛选FOXA1特异性lncRNA的Venn图。利用TCGA数据库分析BRCA、PRAD和LUAD中异常高表达的lncRNA。在这三种癌症类型( Fold change [ FC ]≥3 , P < 0.05)中共有71个lncRNAs高表达。这些lncRNA与RNA - seq鉴定的T47D细胞系( FC≥2 , P < 0.05)中214个FOXA1诱导的lncRNA重叠。然后使用ENCODE数据集中的ChIP - seq数据，分析了5个lncRNA在启动子区域与FOXA1的潜在关联。
(D) DSCAM - AS1在肿瘤组织和正常组织中的表达水平。每个点代表一个组织样本。
(E) DSCAM - AS1在癌细胞系百科全书项目的癌细胞系中的表达水平。每个点代表一个细胞系。
( F-G ) FOXA1之间的相关性。
见图二
DSCAM - AS1受FOXA1驱动的超级增强子正向直接调控。
图二
（A） H3K27ac、FOXA1 和 ERα 在肺腺癌和乳腺癌细胞系中代表性超增强子相关基因位点的 ChIP-seq 谱。预测的 SE 表示为黑条。y 轴表示每百万 （rpm） 的 ChIP-seq 读数。ChIP-qPCR 引物的位置用一条短黑线表示。FOXA1和ERα结合基序显示在底部。
（B）使用3D基因组浏览器生成的Hi-C相互作用的热图。SE 和转录方向显示在热图下方。
（C）采用RT-qPCR分析MCF1细胞中不同浓度JQ1处理后DSCAM-AS7、c-Myc和GAPDH的表达水平。
（D）用siNC和siFOXA1池转染BRCA，LUAD和PRAD的指示细胞系，通过RT-qPCR检测DSCAM-AS1的表达水平。
（E-F）H3K27ac的ChIP-qPCR使用MCF7（E）和NCI-H1437（F）细胞系中的不同引物，引物的位置如（A）所示。
（G-H）ChIP-qPCR 显示 MCF1 （G） 和 NCI-H7 细胞 （H） 中富集 FOXA1437。qPCR的位置在（A）中表示。
见图三
DSCAM-AS1通过调节FOXA1和ERα表达起致癌作用。
图三
（A、B）MTT（A）和集落形成测定（B）分别显示用三个单独的siRNA敲低DSCAM-AS1后细胞生长显着减少。
（C）示意图显示使用CRISPR / Cas1敲除DSCAM-AS9。
（D）敲除MCF1和NCI-H7细胞中的DSCAM-AS1437后集落形成的减少。
（E-F）沉默DSCAM-AS1后FOXA1的mRNA（E）和蛋白质（F）水平。
（G）qPCR显示MCF1和NCI-H1细胞敲除DSCAM-AS7后FOXA1437的mRNA水平。（香港）在MCF1（H）和T7D（J）细胞中使用siRNA沉默DSCAM-AS47后ERα的蛋白质水平。还显示了MCF7（I）和T47D（K）中ERα的mRNA水平。
见图四
DSCAM-AS1与YBX1交互。
图四
（A）使用tRNA支架将RNA下拉到链霉亲和素适配体（tRSA）系统后对DSCAM-AS1相关蛋白质进行银染色;空的 tRSA 向量用作对照。红色框中指示的条带被切除以进行质谱分析。
（B）切除带的质谱结果。
（C）使用YBX1抗体对RNA下拉后蛋白质进行蛋白质的蛋白质印迹测定。
（D-E）RIP-qPCR显示YBX1在MCF1（D）和NCI-H7（E）中免疫沉淀后DSCAM-AS1437富集。
（F）qPCR显示YBX1 siRNA的敲低效率。
（G-H）MTT测定（G）和集落形成测定（H）显示敲低YBX1后细胞生长的变化。
见图五
DSCAM-AS1增强了YBX1在FOXA1和ERα启动子区域中的募集，以促进其表达。
图五
（A-C）蛋白质印迹显示，在MCF1（A）、T1D（B）和NCI-H1（C）敲低YBX7后，YBX47、FOXA1437和ERα的蛋白水平。
（D-F）qPCR显示，在MCF1（D）、T1D（E）和NCI-H1（F）敲低YBX7后，YBX47、FOXA1437和ERα的RNA水平。
（G， I）ChIP-qPCR 显示 MCF1 （G） 和 NCI-H1 （I） 细胞系中 FOXA7 启动子处的 YBX1437 富集。
（H）ChIP-qPCR显示YBX1在ERα启动子处富集。（日、中）ChIP-qPCR结果显示，在MCF1（J）和NCI-H1（L）细胞系中沉默DSCAM-AS1后，FOXA7启动子的YBX1437募集发生了变化。
（K）ChIP-qPCR表明在NCI-H1细胞中敲低DSCAM-AS1后，ERα启动子的YBX1437募集发生变化。
见图六
DSCAM-AS1是一种潜在的生物标志物和治疗靶点。
图六
（A、B）Kaplan-Meier图显示了DSCAM-AS1表达水平与ER +乳腺癌（A）和肺腺癌（C）的总生存期之间的关联。
（C-D）Kaplan-Meier 图表明 DSCAM-AS1 表达水平与 ER+ 乳腺癌 （B） 和肺腺癌 （D） 的无复发生存率之间的关联。
（E）接种野生型（KO-NC）或KO-DSCAM-AS1 MCF7细胞的裸鼠的生长曲线。
（F）终点肿瘤的代表性图像。
（G）提出的工作模型表明DSCAM-AS1可以与YBX1合作促进FOXA1和ERα的表达。
02
研究结论
总之，我们的研究确定了214种FOXA1调控的lncRNA，其中1种在BRCA，PRAD和LUAD中表现出显着的过表达。我们选择了DSCAM-AS1进行详细调查。我们证明了DSCAM-AS1被FOXA1驱动的超级增强子转录激活，并表现出谱系特异性表达模式。
我们观察到DSCAM-AS1的耗竭导致抑制细胞生长并降低FOXA1和ERα表达。在机制上，发现DSCAM-AS1与YBX1相互作用并增强YBX1在FOXA<>和ERα启动子区域中的募集（图）（图 6G）。6此外，DSCAM-AS1可作为新的预后标志物和潜在的治疗靶点。
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