近年医学发展逐渐走向精细化，分子细胞学水平，甚至基因水平，在这之中，肠道菌群对人体的调控与影响成为解决人体疑难疾病的重要突破口，可提起肠道菌群，研究起肠道菌群往往依赖生物细胞学技术，依赖西医学发展，似乎肠道菌群是现代医学的代名词，肠道菌群与古代毫无相关。
《素轩医语》中有过如此记载：“谓中国古人不讲细菌原虫，其说近是，盖时代使然，良不足怪。虽然，此亦言其大较耳。周礼翦氏，掌除蠹物，含沙射影，见于诗疏，关于虫类之事实，固已历历言之。庄子有蛮触战于蜗角之说；列子著焦螟巢于蚊$$之文，是岂皆寓言耶。”
中医中药对虫类药物的应用与认知比比皆是，如大黄蛰虫丸，如水蛭，如牛虻。
《素轩医语》又云：“《说文·风部》云，风动虫生。《内经》云，风为百病之长，详风字含义有二：一为气温变化之义，一为空气流动之义。细玩《说文》、《内经》语意，是已知微生物类为人类病原，及温度空气为微生物发生之要件也，即如大论开端云，太阳为病，头项强痛恶寒。”
六淫邪气，风动虫生，中医对阴阳、对六淫的认识已初步显露古人对于微生物的朦胧认知与暗示。
笔者认为肠道菌群的现代探究可以从古中医入手，菌群的改变与人体本身的代谢相关，中医讲究整体观念，天人合一，菌群与人，菌群与人所处之周围环境浑然一体。
《素轩医语》认为：“若以大《易》习语表之，病菌者小人也，抗力者君子也。君子道长，小人道衰势也。若以生物学家术语表之，体气者，菌争存之环境也，环境不适菌之争存，独适于人，菌即归于劣败，所谓天择也。 ”
将整个肠道菌群视作阴阳平衡，拥有寒热虚实，表里阴阳的完整个体，菌群虽在人体，但也在这个小群落里面进行着物竞天择，适者生存的斗争。
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