2000年前后，中国高校掀起一股合并热，有2/3以上的高校都经历了拆分与合并，学校规模得到迅速扩张、弱势科目得到补充，在国际国内排名极大提高，实现了冲刺985、211等国家计划的目的。
全国39所985高校，至少有25所以上都是合并而成，合并最多的西北农林科技大学（共合并7所高校或院所）。由此也产生了一批“巨无霸”高校航母，如吉林大学、山东大学、华中科技大学、浙江大学、中南大学、武汉大学、四川大学等，在校本科生都超过5万人。
由两所大学兼并的985高校共6所
1.复旦大学＝复旦大学＋上海医科大学
2.北京大学＝北京大学＋北京医科大学
3.中国科学技术大学＝中国科学技术大学＋合肥经济技术学院
4.东北大学＝东北大学＋沈阳黄金学院
5.中山大学＝中山大学＋中山医科大学
6.中国农业大学=北京农业大学+北京农业工程大学
三所大学兼并的985高校共7所
1.南开大学＝南开大学＋天津对外贸易学院＋中国旅游办理干部学院。强弱联合，其中经济学的实力主要还是来自南开，第四轮学科评估一个A+都没有，应该是没有达到预期。
2.山东大学＝山东大学＋山东医科大学＋山东工业大学。强中联合。但山东大学合并山东工业大学至今仍存在争议。原因是山东工业大学本来就是一所211高校，如果没有被合并的话，山东应当会有2所985，2所211。结果作为985的山东大学合并了其中的一所211，山东大学的排名并没有大的提升，后来也没有得到质的发展，但山东省却少了一所211高校，让不少人扼腕。
3.重庆大学＝重庆大学＋重庆建筑大学＋重庆建筑高等专科学校
4.四川大学＝四川大学＋华西医科大学＋成都科技大学。
5.西安交通大学＝西安交通大学＋陕西财经学院＋西安医科大学
6.湖南大学＝湖南大学＋湖南财经学院＋湖南省计算机高等专科学校
7.兰州大学=甘肃省草原生态研究所+兰州医学院
四所大学兼并的985高校共7所
1.浙江大学＝浙江大学＋浙江农业大学＋浙江医科大学＋杭州大学。强强联合，老浙大是传统的工科大学，杭大是文理综合大学，1个985+3个211，典型的1+1>2，实力强劲。
2.上海交通大学＝上海交通大学＋上海第二医科大学＋上海农学院＋中欧商学院（划归办理）
3.东南大学＝东南大学＋南京铁道医学院＋南京交通高等专科学校＋南京地质学校（划归办理）
4.华中科技大学＝华中理工大学＋武汉城市建设学院＋同济医科大学＋科技部干部管理学院
5.武汉大学＝武汉大学＋湖北医科大学＋武汉测绘科技学院＋武汉水利电力学院
6.中南大学＝中南工业大学＋湖南医科大学＋长沙铁道学院＋长沙工业高等专科学校
7.清华大学＝清华大学＋中央工艺美术学院＋中国人民银行研究生院（划归办理）+北京协和医学院（中国协和医科大学）
五所以上大学兼并的985高校有4所
1.同济大学＝同济大学＋上海铁道大学＋上海城建学院＋上海建材学院＋上海航空工业学校（划归办理）
2.华东师范大学＝华东师范大学＋上海幼儿师范高等专科学校＋上海教育学院＋上海第二教育学院＋上海市南林师范学校（划归办理）
3.吉林大学＝吉林大学＋白求恩医科大学＋长春科技大学（东北地质学院）＋吉林工业大学＋长春邮电学院＋解放军军需大学。强中弱联合。吉大的强势学科还是集中在老吉大身上，被合并高校的优势学科发展也并不如意。一些学科基本属于原地踏步，甚至还有倒退，总体来说吉大合并不成功。但也成为了巨无霸高校，所以人们都说“长春在吉林大学中”。
4.西北农林科技大学=西北农业大学+西北林学院+中国科学院水利部水土保持研究所+水利部西北水利科学研究所+陕西省农业科学院+陕西省林业科学院+陕西省中国科学院西北植物研究所
12所未合并过的985
除了上面通过兼并的高校之外，还有12所高校是在2000年兼并潮中未进行兼并的，他们分别是中国人民大学、中央民族大学、北京理工大学、北京航空航天大学、北京师范大学、南京大学、天津大学、大连理工大学、西北工业大学、华南理工大学、中国海洋大学和厦门大学，这些高校在其他高校纷纷合并报团的情况下，凭一已之力发展，实力也是十分强悍的强。
合并最成功的高校
1.浙江大学
算是985高校中最为成功的一所。浙大四校合并前，只有老浙大有全国前十的实力，但在合并后学科更完整，实力更雄厚。经过几年的发展，从论文学术成果科研经费等硬性指标来看稳居国内综合排名第3名，在华东五校中是学科设置最全的。合并后的浙大的各学科基本没有短板，更重要的是中国高校合并浪潮始于1998年的浙大四校合并，浙大算是第一个吃螃蟹的，对中国高校发展有重要里程碑的意义。在各大高校排行榜上，浙江大学基本能稳居前五位。当然，合并之后，浙江只有浙大一所985高校、双一流建设高校。在一定程度上，可能对浙江省的教育整体有影响，在一定程度上影响了浙江整体985、211高校的录取率。
2.华中科技大学
主体是华中理工大学，合并前只能居四大工学院二三名。2000年大学合并的时候，本来湖北省的意图是让同济医科大学和武汉大学合并的，同济医科大学提出了极为苛刻的条件：1、合并后的新大学必须改名；2、同济必须保持人事、管理、财务独立；3、必须保留同济医学院的品牌。当时的武汉大学面对如此苛刻的条件，自然没有答应。然而华中理工大学一口气全答应了同济医科大学的条件，如是便出现了“华中科技大学”。在合并以后在地理位置不占优的条件下发展势头早已盖过曾经的四大工学院之首东南大学，而且不再甘心作所谓的千年老二，如今的华中科技也具备了向同城的武大叫板的实力。
3.武汉大学
主体是武汉大学，在合并的浪潮中痛失合并同济医学院的机会以后，合并掉了湖北医科大学，虽然湖北医科大也很强，但和同济医科大比差距太大。还好，武大合并其它两个学校都在各自的行业里处于领头羊的地位，尤其是武汉水利电力大学，实力强劲，当时是中国水利电力行业专业最齐全、规模最大、综合实力最强的大学。合并后的武大也在各大排行榜稳居前十，要不是武大并入这三校，现在只能剩下一大堆冷门专业，不知道拿什么和同城的华科抗衡。
4.中南大学
主体中南工业大学，合并前也就是普通的一个重点大学，在全国大学排名中也就是六十名左右，在先后合并掉了有着南湘雅北协和的湖南医科大学（湘雅医学院）和长沙铁道学院后实力爆棚，综合实力在全国高校中二十多名，而且专业也不再是冷门的冶金方面的专业。
5.中山大学
主体是中山大学，由孙中山先生创立于1924年，初名国立广东大学，后为纪念孙中山先生，学校于1926年定名为 “国立中山大学”。今日的中山大学，由1952年院系调整后分设的中山大学和中山医科大学于2001年10月合并而成，中大和中山医院合并可谓强强联合，中大在合并后中大在大学排名也上升很快，同时也确立了广东霸主的地位。
6.哈尔滨工业大学
主体是哈尔滨工业大学，合并前，工科大类中土建一直不怎么强，其工科实力最多也就和西交打平手。而哈尔滨建筑大学也和哈工大是同源同宗，前身是哈尔滨工业大学土木建筑系，始建于1920年。基于其雄厚的师资力量和设备基础，1959年，独立建校，扩建成为哈尔滨建筑工程学院。1960年6月与同济大学、沈阳建筑材料工业学院、武汉城市建设学院一起被列为中华人民共和国建筑工程部重点高校。1994年，经原国家教委批准，更名为哈尔滨建筑大学，是我国著名的建筑老八校之一。在2000年，哈尔滨建筑大学与哈尔滨工业大学合并后哈工大工科的规模超过清华浙大的规模，稳居第一，也是唯一工科能和华东五校中的浙大和上交叫板的学校。
7.西安交通大学
主体是西安交通大学，继承了老交通大学大多数的衣钵。但地处西安，发展受限，在高校合并的浪潮中，南京大学由于没有吞掉任何医科学校，现在发展受限很严重，西交吞掉的西安医科大看似鸡肋，其实有重要的意义。而吞掉的另一所高校，陕西财经学院是中国人民银行总行直属的以金融类专业为主体、其它财经类专业协调发展的多学科、多层次的综合性高等财经院校。学院前身---西北大学经济系是原国立北平大学法商学院，创建于1929年。1960年，以西北大学经济系为基础组建陕西财贸学院，1963年更名为西北财经学院，1978年定名为陕西财经学院。吞掉以后，西安交通大学经济与金融学院综合实力在历年经济类专业排名中稳居全国第九、第十的位置，并拥有西北地区唯一的应用经济学博士后流动站。综合实力西北地区排名第一。也使得自己不至于掉队太多。
8.复旦大学
主体是复旦大学，本身北大北医合并不到一个月，复旦和上医也合并了，本身也是强强联合，完全可以算的上最成功的合并之一，但两校的磨合却很一般，复旦大学有着辉煌的历史和强劲的实力无须赘述，看看上海医科大的历史，上海医科大学，创建于1927年，是中国创办的第一所国立大学医学院，颜福庆出任首任院长。1932年，独立为国立上海医学院，为当时中国唯一的国立医学院。1939年，因抗战爆发内迁至云南昆明。1940年，辗转迁至四川重庆。1946年，抗战胜利，迁回上海。1952年，更名为“上海第一医学院”。1959年，被定为全国16所重点高等学府之一。1985年，更名为“上海医科大学”历史和实力同样辉煌，于是两校在合并后关于校名有着很大的争执，最后以上海医科大争到“复旦大学上海医学院”这块牌子而告终。
9.重庆大学
主体是重庆大学，合并前实力一般，属于普通的全国重点大学，以至于在要合并西南政法时西南政法发动了轰轰烈烈的护校运动。因为高校合并要么强强联合，要么以强吃弱，但从没发生过以弱吃强的事情，以至于在得知西政要并入重大后西政全校师生罢课游行，史称“二次护校运动”。部分激动的同学甚至喊出了“宁做西政鬼，不当重大人”。事件惊动中央，司法部、公安部、教育部三部大员到校“镇压”，最终取消合并，但作为对教育部的补偿，原直属司法部的西政转由教育部管理，并最终被下放重庆市。西政从此成了地方性院校，一直到今天。而重大后来合并了建筑老八校之一的重建和重庆高等专科学校之后工科实力增长很快，也弥补了自己工科一大类的短板。
10.湖南大学
主体是湖南大学，在高校的合并浪潮中湖南大学也急需合并学校来补充自己的实力，最开始想要合并的学校是湘雅医学院，但校长要求合并后平级，但湖大校长等人不干，最后将湘雅拱手让人。后来合并了湖南财经学院，湖南财经学院是隶属中国人民银行的中央部属高校。始建于1958年，是新中国最早建立的一批高等财经院校之一，被誉为“财经金融黄埔。湖大在合并前也就和肥工差不多一个水平，在合并后形成理科基础坚实、工科实力雄厚、人文学科独具浓厚文化背景、经济管理学科富有特色的综合性全国重点大学，实力也有很大的提升。
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