康巴什在明朝以前属蛮荒之地，只是一片普通的草原。鄂尔多斯的历史就是他的全部历史，用老乡的话讲，我也就那，和你一样。
明朝年间，随着鄂尔多斯部越过黄河，进入这片草原，康巴什也开始进入自己历史。
明朝时，随着成吉思汗陵的“八白室”由王爱召迁到甘德尔敖包（今成吉思汗陵），守陵人——达尔扈特人也迁入现在成吉思汗陵周围。后来，为了便于管理，达尔扈特分为6个“哈然”，也叫做“艾玛格”，大致相当于管辖区或小部落，分别是守护成吉思汗的大伊金部、守护哈屯的皇后部、守护旗徽的苏勒德部、守护成吉思汗马鞍的马鞍部、守护成吉思汗布日耶的大木号部、守护成吉思汗弓箭的弓箭部，各部首长为“达尔古”，副首长为“副达尔古”。每个“达尔古”之下，又设3个“贺希格”。6个部共有18个“贺希格”。
而守护成吉思汗马鞍的马鞍部就在康巴什驻牧。康巴什是6个“哈然”中的“图克庆哈然”。
这支达尔扈特人主要负责祭祀成吉思汗马鞍和放牧战马。马鞍放在一个古老的斡尔朵（蒙古包）中，每到祭日，都要诵词祭祀。他们还有另一项职责就是饲喂成吉思汗骑过的白骏马繁衍的后代，这些白马也是在康巴什一带放养。蒙古人称这里为“吉劳霍洛”，汉意为“（持）缰绳者”。
清朝实行旗扎萨克制度，康巴什隶属郡王旗，是郡王旗牧地。但这些达尔扈特人虽然在郡王旗地盘，但不受该旗管辖，而是由济农和盟长委任。康巴什“哈然”管辖区的“达尔古”（管理职位）与旗“札萨克”平级。
在清代统治者的倡导下，佛教在鄂尔多斯迅速繁荣。鄂尔多斯地区作为引入喇嘛教的第一站，是内蒙古召庙和喇嘛人数最多的地区。这期间，在康巴什陆陆续续建起多座召庙，如今地名中还有的扎木音高勒庙、乌拉什里庙、阿布亥庙、马王庙、洪钦庙等等。
清朝中期，这支达尔扈特人的管理者“达尔古”（职位，下同）生下一个叫博尔克图的男孩，在5岁时，这个孩子被认定为转世活佛。在清代，康巴什这样的地方，只有王公贵族才享有教育的权利，普通蒙古人没有任何接受教育的机会。但是王公贵族接受教育，寺庙也是主要途径，根本没有学堂一说。
图克庆哈然“达尔古”的儿子、转世活佛、达尔扈特人，这些光环集于一身，加上博尔克图聪慧机敏，好学好问，他立即被送到青海塔尔寺学习。
在塔尔寺，博尔克图苦灯相伴，研经习典，十年一晃而过。之后，他又来到拉萨大昭寺学习佛经，经过二十年的清苦修学，博尔克图精通了佛教的五部经典著作，通过层层严格的辩经考核，开始申请格西学位。格西，藏语，汉意为善知识，藏传佛教格鲁派寺院的学位。喇嘛按顺序学完必修的经典后，可以考取不同等级的格西学位。“格西”中又有不同级别的具体称谓，诸如“拉然巴”、“措然巴”、“林赛巴”、“多然巴”等。从低到高依次为多然巴格西，林赛巴格西，措然巴格西，拉然巴格西。拉然巴格西是藏传佛教格西中级别最高的学衔，也是藏传佛教显宗中最高的学位。博尔克图作为申请拉然巴格西学位的考僧，在拉萨大昭寺举行的祈愿大法会期间，通过三大寺(甘丹寺、哲蚌寺和色拉寺)高僧提出的佛学疑难问题的答辩，获取了这一宗教学衔。
学成后，博尔巴图返回康巴什，继任该部的“达尔古”（职位）。作为当时学识渊博的活佛，博尔巴图不仅主管祭祀和部落管理工作。日常生活中，他把寺院当成学校，召集蒙古族孩子教授知识，传播佛法。牧民有个头疼脑热，他还利用自己学到的蒙医和藏医知识，给大家开方看病。在当时的社会中，博尔巴图作为活佛、拉然巴格西学位获得者、达尔扈特人、老师、医生、哈然负责人，备受远近蒙古人的崇敬。所以，蒙古人把他所在这个地方称为“哈然巴格西”，巴格西是蒙语“老师”之意，同时，巴格西也是佛教最高学位的称号。哈然作为达尔扈特的一级基层组织，被作为地名来命名。“哈然巴格希”综合起来大意为达尔扈特人所有管辖区里最牛的老师。所以，康巴什自古就有尊师重教的传统，今天康巴什能考上那么多清华和北大的学生，是有历史渊源的（个人谬论）。
同时康巴什也是成吉思汗祭祀的重要组成部分，主要的文化因素是成吉思汗马鞍和战马祭祀，这对未来康巴什区文化旅游事业的发展，肯定会有很大的帮助。
用“巴格西”命名城市世界上也有，土库曼斯坦有个著名的港口城市叫土库曼巴希，是纪念他们前总统尼亚佐夫的，他被他们称为土库曼人的导师。
清朝末年和中华民国时期，大量土地被放垦，神木、府谷汉族人开始进入康巴什。汉族人在音译“哈然巴格西”过程中，直接口译为康巴什。把居住达尔扈特人地方，直接口译达尔罕壕，壕是陕北方言，意思是沟或渠，达尔罕壕（原康巴什一个村子的名称）实际就是达尔扈特壕。
1950年，由达尔罕壕、补洞、昌汉呼舒、乌拉什里、康巴什五个行政村组成康巴什乡。康巴什乡隶属郡王旗。
1958年，郡王旗和扎萨克旗合并，更名为伊金霍洛旗。康巴什乡隶属伊金霍洛旗。
1983年，康巴什乡根据蒙古语进行正音，正音为“哈巴格希”，可惜没正音为“哈然巴格希”。就这样，康巴什变成了伊金霍洛旗哈巴格希乡。但当地人仍然俗称其为康巴什。
哈巴格希乡由15村组成，油坊壕（康巴什乡驻地）、西郭家壕、格德热格、珠和壕赖、伊金壕、吉劳庆、扎木音高勒庙、乌拉什里庙、阿布亥庙、马王庙、洪钦庙、雷家坡、寨子塔、央片塔拉、白家壕。其中6个汉语村，都为民国年间成村。其余9个地名为蒙古语地名，蒙古语地名中有是5个喇嘛庙名字。
2000年以前，康巴什作为伊金霍洛旗荒漠中的小镇，相当落后，乡政府街上还是土木结构的房子，除了供销社和几家饭店外，连个像样的旅店都没有。2000年夏天，在全国大办经济开发区情况下，伊克昭盟决定在东胜和伊金霍洛旗之间建设一个开发区，以推动工业经济发展。2000年12月，经内蒙古自治区人民政府批准，内蒙古青春山经济技术开发区在康巴什成立。因康巴什最高的山是青春山，也有人写作“青椿山”，这座山就是今天的荣乌高速和210国道交叉线处。故名青春山经济技术开发区。现在鄂尔多斯市党政大楼北侧公园为青椿山公园，但这不是当时所讲的青春山。
2001年4月30日，伊克昭盟经国务院批准正式改名为鄂尔多斯市。
在撤盟设市后一场普通会议上，彻底改变了东胜和康巴什两座城市承载的功能。
东胜区作为当时鄂尔多斯市政治中心有四个卫星镇，分别是北面的万利镇、东面的铜川镇、西面的罕台镇和南面的布日都镇。从四个镇任何一个镇方向发展，都面临立地条件差，都是丘陵地带，用老乡的话讲就是“地不平”，不适合作为百万人口城市，很难承载新成立鄂尔多斯市的发展空间。要想解决这个问题就得拉大城市框架。再一个东胜最大问题就是缺水问题，东胜老居民知道，那时东胜有一项生意就是开着四轮车卖水，在平房区居住的居民都得提着桶排队买水。直到东胜饮黄工程结束后，东胜才彻底实现稳定供水。但饮黄工程用水量要受国家黄河管理局控制，也不是想用多少就用多少。在这种情况下，为新的市府所在地选址开始酝酿。
在一次又一次会议后，三个地方进入备选方案。一个是东胜区的灶火壕，一个是伊金霍洛旗的新街，一个是伊金霍洛旗哈巴格希乡，也就是后来的康巴什。三个地方各有优势。灶水壕行政区划为东胜区布日都镇灶火壕村，这个地方水肥草美，地域平坦，中间有吉劳庆川沿村而过，具备一定城市发展空间。最主要一点就是鄂尔多斯市政府驻地在东胜区境内迁移，无需国务院批准，报内蒙古自治区人民政府批准即可。第二个地方是伊金霍洛旗新街镇。新街镇是伊克昭盟成立时“蒙政会”（伊克昭盟行政机构）所在地，后来才从新街迁到东胜。再一个就是新街距离乌审旗、鄂前旗、杭锦旗都要比东胜近一些。这都是地域优势，但新街当时已戡测出煤炭，属于煤炭开采规划区。第三个地方是哈巴格希乡，这个地方有乌兰木伦河依河而过，大部分是沙丘地貌，推土机就可推出平整土地。随后，就这三个地方又数次组织实地调研。在一次调研中，有一位领导说，背靠青春山，面迎红海子，乌兰木伦河穿城而过，河两岸一马平川，远眺有圣祖成吉思汗陵，鄂尔多斯机场近在咫尺，这样优美的地方还用选择吗？说的所有人都笑了。就这样，伊金霍洛旗哈巴格希乡从三个地方中作为最优选择进入第一梯队。
2003年6月29日，鄂尔多斯市一届人大四次会议决定鄂尔多斯市政府驻地迁往内蒙古青春山经济技术开发区。
2003年，为了便于工作，伊金霍洛旗的哈巴格希乡整建制划归东胜区管辖。康巴什开始征地和基础设施建设。
2004年，经内蒙古人民政府批准，内蒙古青春山经济技术开发区更名为东胜康巴什新区。当年5月，一个以“草原上升起不落的太阳”为主题大规划正式启动，新区规划控制面积155平方公里，规划建设面积32平方公里。“一市两区、三个组团”的城市战略构想正式提出。鄂尔多斯市几大文化建筑，分别是马鞍造型的鄂尔多斯国际会展中心，天外陨石的鄂尔多斯博物馆，蒙古帽子的鄂尔多斯大剧院，蒙古三部黄金著作的鄂尔多斯图书馆，流动的舞蹈的鄂尔多斯艺术中心等全部开工。
建设，建设，再建设。3年后，2006年7月31日，鄂尔多斯市人民政府驻地如期迁址康巴什新区。
2010年，美国《时代周刊》刊发一篇《Ordos, China: A Modern Ghost Town》(《鄂尔多斯：一座现代的鬼城》)对康巴什进行了报道。一石激起千层浪，康巴什立即被推入舆论的漩涡。但康巴什以“敌军围困万千重，我自岿然不动”的气概，顶住压力，愤然前行。事过多少年，康巴什因“中国最大鬼城”之名因祸得福，驰名中国，名扬世界。
2012年8月，康巴什新区被命名为“国家AAAA级旅游景区”。
2016年6月8日，国务院同意鄂尔多斯市设立康巴什区，将鄂尔多斯市东胜区的哈巴格希街道、青春山街道、滨河街道划归康巴什区管辖，康巴什区人民政府驻滨河街道鄂尔多斯东街10号。实际上就是原来哈巴格希乡行政范围变为康巴什区了。
2017年2月13日，康巴什区人民政府正式挂牌成立。
今天，康巴什区是鄂尔多斯市政治、文化、教育中心，总面积372.55平方公里，建成区面积38.42平方公里，辖1个园区（市高新技术产业园区）、4个街道、15个社区，总人口15.3万人。
康巴什完成了由一张白纸到一幅绝美风景画的跨越，实现了从贫瘠荒原到现代化新城的腾飞。今天的康巴什，到处呈现出实力的底蕴、活力的风采和魅力的光华。
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