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朋友们,咱们又如约见面了。
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今天-2022年10月24日,测序界的艺术担当-Oxford Nanopore发布公告(注1):全新推出PromethION 2(简称:P2)Solo桌面型、便携式测序平台,起售价10,455美元。
这款产品有多便携呢?
用ONT自己的说法:相当于1部指环王三部曲印刷版那么大。
全球用户已经可以预定P2 solo平台,并且11月就可以发货。
这速度,都比得上水果了。
参数
P2 solo平台可以同时运行两个Flow cell,需要与GridION或电脑连接进行工作。
单张芯片可以获得至多200Gb的reads,最短读长20bp,最长读长4Mb。
可以对甲基化、RNA等应用直接进行测序。
一年可以测大概190-380个基因组,可以直接使用PromethION芯片,成本大概1000美元。
使用最新的R10.4.1 FC和 最新14版测序试剂,可以达到modal raw-read simplex accuracies of 99.6% (Q24) 和 single molecule duplex accuracies of 99.92% (Q31)。
(当然,ONT的质量参数不是很懂,就当它很高吧。)
可以直接使用ONT官方EPI2ME分析解决方案,上传数据即可拿到突变、结构变异和甲基化报告。
方便理解的话就是ONT版本的basespace。
“哥哥”PromethION2
早在2021年12月1日,ONT就发布了P2 solo的哥哥版本P2(注2)。
我的理解是这个价格10,455美元指的是P2 Solo,毕竟在brochure里(注3)面明确告知了P2可是要接近6w刀的。
P2和P2 solo最大的不同就是P2是一个“自持”的系统,也就是能够自己独立运行。
配备有NVIDIA A100 TENSOR CORE GPU,就是能够做各种浮点运算和A.I.推理的那种芯片。
玩扫雷快不快不知道。
配备128G内存和16TB的SSD硬盘,还是能存一点数据的。
剑指临床应用
在2021年的这篇文章中,ONT提到了其Short fragment mode(SFM,2022年3月realease)在癌症研究方面的应用,甚至用了“path to in-field liquid biopsy”的说法。
足可见对临床应用的觊觎。
今天P2 solo上又加以引导,提到了一些研究者用ONT的技术来分析癌症样本,提供real-time result的可能性。
甚至在前段时间(注4),ONT还演示了直接使用其平台进行靶向捕获测序的方法。
通过ONT的自适应采样(adaptive sampling)技术,当 DNA 链穿过纳米孔时,可以对其进行碱基识别。如果读长序列的前 400-500 个核苷酸能与预设的靶向区域比对,则允许该读长序列通过。如果比对不成功,整个纳米孔的电势将逆转,从而拒绝 DNA 链通过。然后再开启纳米孔,以便后续模板分子通过。
厉不厉害?
当然希望是美好的,是否能够得到业界的认可还得再看看。
毕竟在二代测序奔向Q40的年代,ONT的准确度还是得再长进长进。
今天没有总结,就是给二代测序厂商敲敲边鼓,人家ONT为代表的三代测序厂商可没躺下啊,继续加油!
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注1:https://nanoporetech.com/about-us/news/oxford-nanopore-opens-genomics-market-promethion-2-solo-worlds-first-portable-high
注2:https://nanoporetech.com/about-us/news/oxford-nanopore-announces-technology-updates-nanopore-community-meeting
注3:https://nanoporetech.com/sites/default/files/s3/literature/J000949_PromethION%20P2%20Brochure_DIGITAL.pdf
注4:https://nanoporetech.com/sites/default/files/s3/posters/lc2022/handouts/Lynch%20syndrome%20v2%20digital.pdf
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