近亲相交导至中世纪欧洲皇室绝种

哈布斯堡皇室的权势，在腓特烈三世之子马克西米连一世统治期间（1493年-1519年），通过皇室联姻，得以进一步增强。马克西米连本人，于1477年8月18日迎娶勃艮地公爵独女玛利（Mary of Burgundy）。这段姻缘，将属于勃艮第公国的，自法国南部至荷兰、比利时的领地通通并入哈布斯堡皇室领地。马克西米连的儿子美男子菲利浦（Philip the Handsome），于1496年迎娶西班牙女王储胡安娜，开创了西班牙哈布斯堡王朝。不过，菲利浦将母亲勃艮地公爵的领地也带入西班牙王室，种下了西班牙与法兰西冲突的火种。马克西米连的孙子，日后的神圣罗马皇帝费迪南一世（Ferdinand I）于1521年5月25日 迎娶了波希米亚郡主安妮（Anne of Bohemia），次年，费迪南的妹妹玛利亚郡主（Maria of Austria）嫁与匈牙利兼波希米亚国王路易二世（Louis II of Hungary & Bohemia），这两段婚姻为日后奥地利吞并波希米亚和奥匈合组二元帝国埋下伏线。哈布斯堡王朝正是通过联姻在欧洲的影响，使帝国的势力大大增强。但由于多代近支联姻，西班牙分支在1700年，奥地利分支在1740年相继男嗣断绝。西班牙王位落入波旁家族之手。