图解单细胞 | 第8期. 富集分析里的MM豆，也能吃吗？

     图解富集分析

基于差异基因进行功能的富集分析，目前有常用的两个数据库：GO和KEGG，常用“气泡图”来呈现结果。上图显示的是一张用GO研究pathway的气泡图，是不是看起来很像MM豆，让我们看看该如何食用它们。图中，纵坐标是通路的名称；横坐标代表了不同的心肌细胞类型（CM0~3）；横纵坐标交点的气泡的代表该细胞类型在该通路差异基因的表达情况；点大小代表该细胞类型差异基因属于这个通路的基因的数量占差异基因列表所有基因数量的百分比；颜色则代表了该点的P值，代表了富集的显著程度。从图中我们可以看到CM0在NADP nuclsosidse 这条通路上的差异基因数量较多，富集程度也最高。

如图为一项在第4期——细胞比例分析介绍到的脓毒症小鼠心脏单细胞研究，该研究通过细胞比例分析发现Mac1在脓毒症发生后剧烈下降，然后逐渐上升，推测Mac1对对脓毒症具有保护作用。该图中，点的颜色表示通路富集的显著性，越浅显著性越大；点大小代表该细胞的差异基因富集在该通路的数量；横坐标为富集因子，代表差异基因列表中属于这个通路的基因的数量/背景基因集中富集在这个通路中所有基因的数量。

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参考文献：

PMID: 36635449

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