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MR | 第1期. 听说你还不知道孟德尔随机化,而别人已经发了好多篇

公共数据库的数据挖掘,备受众多科研人的青睐。为了帮助大家比较系统地掌握相关理论及实践技能,我们前期对GBD公共数据库进行了14期分享(GBD合集),当然,想发表一篇GBD相关的文章,仅靠上述14期分享的内容是不够的,因此我们正在准备系统化的视频(包括理论、选题、R脚本、拼图、写作等)和交流群,预计在8月下旬与大家见面。在那之前,科研人当然不能停下学习公共数据库的脚步,我们接下来将持续为大家分享“孟德尔随机化”(Mendelian randomization MR)。今天是我们与MR的初次会晤,我们聚焦两个话题——MR的必要性、MR的理论基础

1.MR的必要性

为了方便大家理解,我们从一个例子讲起:既往观察性研究(横断面研究、病例对照研究、队列研究等)显示:高BMI(肥胖)与冠心病存在相关性,但是无法证明高BMI与冠心病之间的因果关系,为了回答该科学问题,理论上需要开展随机对照研究(RCT),但是实际上由于伦理问题无法开展此类研究(我们不能有意把一群人变成胖子~
那为了证明“高BMI与冠心病之间的因果关系”,还有其他方法吗?
有!MR就是其一!加下来,我们一起看看为什么MR可以实现上述目的~

2.MR的理论基础

通过上述内容,我们不难发现:观察性研究不能得出因果关系的本质原因是无法做到“将自变量随机化”(自变量可以理解为上述例子中的BMI),那我们可以试想:如果可以找到一个变量,这个    变量与自变量密切相关,且可以被随机化,那这个变量是不是就有可能替代自变量,用于分析与因变量之间的因果关系呢
那有什么变量是可以被随机化的呢?没错,基因!我们在高中学过孟德尔三大定律,其中第二定律为基因的自由组合定律,可以简单理解为一对等位基因在形成配子过程中遵循随机分配原则见下图)。
孟德尔第二定律

不难发现:MRRCT有着诸多相似之处,我们使用基因变异形成类似于随机对照试验的亚组。详见下图:

总之,MR避免了直接分析自变量与因变量之间的因果关系,巧妙地转向分析与自变量密切相关的变量(又称“工具变量”,在MR中代指single nucleotide polymorphism, SNP)与因变量之间的因果关系,具有极强的应用价值!下一期,我们将分享MR的定义并解析工具变量。

大家对于推送内容有任何问题或建议可以在公众号菜单栏“更多--读者的话”栏目中提出,我们会尽快回复!

参考文献

1.Limits to causal inference based on Mendelian randomization: a comparison with randomized controlled trials.Am J Epidemiol. 2006 Mar 1;163(5):397-403. doi: 10.1093/aje/kwj062. Epub 2006 Jan 12.

2. Smith GD, Ebrahim S. 'Mendelian randomization': can genetic epidemiology contribute to understanding environmental determinants of disease?. Int J Epidemiol. 2003;32(1):1-22. doi:10.1093/ije/dyg070

写在最后



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