生信小白教你绘制染色体核型图

     

     在一些组学分析的文章里面，染色体核型图是出现频率最高的图形，染色体核型图也就是我们常说的基因位置图，主要展示一些基因在不同染色体上面的位置形式，可视化的效果比较让人容易一目了然。

    今天我将给大家介绍常用的三款软件来绘制染色体核型图。

1、mapchart

mapchart 是一款windows 系统软件，可以用来绘制基因在染色体上的位置信息。作图的样式丰富多彩，但是使用起来流程还是比较繁琐。

配制文件如下：

; MapChart example 1
; This is a map file exported by JoinMap 3.0, and imported
; and saved as *.mct - file by MapChart.
; No manual editing was done, except for the addition of these comments.
; Fri, 28 Dec 2001, 12:15
; ngrp=2, nloc=43
group a
TG580_1.131            0.000
E36/M51-9p             6.600
TG255_1.117            9.000
E36/M54-2p            18.200
E35/M47-12e           20.200
E35/M47-9p            21.400
TG220_6.100           24.000
TG465_1.90            29.500
TG71_1.58             49.200
TG59_1.52             49.200
E35/M61-13e           56.700
TG273_1.36            56.700
E35/M48-5e            59.000
group b
TG68_12.14             0.000
TG180_12.0             3.700
CT120bp_11.86/12.30   15.200
E35/M57-3e            29.300
E35/M61-4ae           35.400
E35/M47-19e           37.000
E35/M59-11e           37.000
E35/M59-12p           37.000
E36/M59-6e            37.000
E35/M52-12e           38.000
E35/M52-8e            38.000
E36/M54-3e            38.000
E35/M55-15p           38.000
F19a                  38.000
F19b                  38.000
E35/M51-6p            38.000
E35/M49-6p            38.000
E35/M50-7p            38.000
E35/M51-11p           38.000
E36/M54-12p           38.000
E35/M48-14e           38.600
E35/M52-11p           38.600
E36/M59-1p            38.600
E35/M50-3e            38.600
E35/M61-3bp           39.400
E35/M48-1e            40.200
E35/M55-9e            40.900
E35/M59-15p           43.400
E36/M54-11e           57.600
CT156_12.72           69.200

直接在data栏里面输入配制文件：

点击右边的chart即可以出图：

基本上你需要做的如根据示例配制文件进行修改就可以绘制你需要的图片了。

2、Tbtools

Tbtools软件使用还是比较傻瓜操作的，软件界面比较友好，各种生信小白易学。

需要准备两个文件，一个是染色体长度信息，一个是基因的位置信息。

#1、染色长度信息，以短柄草为例
Chr1	75071545
Chr2	59130575
Chr3	59640145
Chr4	48594894
Chr5	28630136

上面准备了染色体长度信息，下面准备一些基因位置信息。

A1	Chr1	18965288	18967184
A2	Chr1	34468597	34472057
A3	Chr2	500268	504269
A4	Chr2	3412905	3413923
A5	Chr2	4884087	4886947
A6	Chr3	1767450	1773525
A7	Chr3	7083882	7087443
A8	Chr4	43399010	43404412

上传文件的界面如下：

结果如下：

    这个画图功能好像进行调整了，没有以前那么方便（没有仔细研究），但是画图过程很快，后期保存用AI调色。

3、mg2c_v2.1

mg2c_v2.1是一个在线的网站，作图非常方便，缺点是你不知道它什么时候打不开，经常打不开。

http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.1/

很不巧今天也是报错登录不了，昨天还可以。

那就借用他发表在Molecular Horticulture杂志上的图片进行展示。

具体的一些调整参数如下表：

画图还是很方便的，作者也一直在更新，就是他们网站管理不是很好，老出现登录不上的情况。

    今天就先给大家介绍到这里，需要软件的小伙伴关注公众号生信漫谈，私信我即可免费获取软件及安装教程，希望大家的科研能有所帮助！祝您科研顺利快乐！

图片：来自网络

文章：来自网络

排版：生信小白

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