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虚开发票是税收执法中最常见的违法行为。对该行为如何认定以及如何处罚，在理论和实践中都存在诸多争议。正确处理虚开发票案件，首先要明确发票的本质仅仅是证明交易事实的一种文件。撇开发票讨论客观事实，以及直接将发票等同于客观事实都是不科学的。
大多数情形下，纳税人发生应税交易，都应当依法如实开具发票，以记载客观发生的应税交易。如果纳税人开具的发票与对应客观发生的应税交易有出入，无论是交易的主体、内容、数量、价款还是时间，只要与客观事实不同，就可以认定为虚开发票。
虚开发票的认定似乎很简单，其实不然。因为税务机关要想在事后还原早已发生的客观事实，需要做大量取证工作，需要用更加有力的证据来证明当时发生的客观事实与涉事发票记载的事实不同，比如交易合同、银行流水、证人证言等。这些证据应当形成一个完整的证据链条，应当能够排除合理的怀疑。比如，不能仅凭交易合同与发票记载的信息不同，就认定发票是虚开发票。因为交易合同也可能是虚假的。也不能仅凭资金的流向与发票记载的当事人不同，就认定发票为虚开发票，因为资金流向也可能是虚假的。
在认定发票是虚开的前提下，还应当进一步深入讨论发票所记载的交易在税法上如何认定。这里主要涉及两个问题：一是发票上记载的增值税税额是否允许抵扣，二是发票上记载的支出是否允许作企业所得税税前扣除。
增值税抵扣对发票等抵扣凭证有十分严格的要求。根据现行规定，增值税实行以增值税扣税凭证为载体的抵扣管理机制，当增值税扣税凭证为虚开时，即使有真实交易，相关的进项税也不得抵扣，已经抵扣的要作转出处理，除非其重新取得合乎规定的发票。
企业所得税的税前扣除也有严格的发票要求，但其仍应遵守税收法律法规以及实质重于形式等税法原则的要求。原则上，纳税人应当重新取得合规发票才能作企业所得税税前扣除，但如果不是纳税人的原因导致其客观上已经无法取得合规发票，那么，只要通过其他证据能够证明纳税人的支出符合税法规定的实质要件，则应当允许纳税人将有关支出作企业所得税税前扣除，这也是支付能力原则的要求。例如本版讨论案件涉及的工资支出税前扣除问题，由于工资支出本身并不需要发票，只要纳税人能够证明其有关工资性支出属于实际发生的、与取得收入有关的、合理的工资薪金支出，就应当允许其作企业所得税税前扣除。
虚开发票是违法行为，该行为本身就具有可罚性，可以直接依据相关法律法规的规定进行处罚。但是，虚开发票并不必然意味着纳税人偷税或者少纳税，税务机关还需要通过其他证据组成的可以排除合理怀疑的完整证据链条，来证明纳税人在客观上发生了偷税的行为或者导致了少纳税的结果。如果没有做这样的证明，直接依据虚开发票本身就认定纳税人偷税或者少纳税，并进而要求其补缴税款和滞纳金，甚至对其进行处罚是错误的，容易产生争议，存在很大执法风险。
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