常见的有机肥发酵方式有4种：槽式发酵、条垛式发酵、高温密闭发酵罐和纳米膜覆盖发酵。
槽式发酵需要建设地上式或者地下式的发酵槽，发酵槽两边的间隔墙上铺设导轨，槽式翻抛机在导轨上行走，同时，系统设有换轨机构来实现不同发酵槽间的转换。槽式发酵具有单次处理量较大，设施设备投资高等特点，适合大规模的养殖场使用。
条垛式发酵不需要建造发酵槽，在硬化处理后的平地上，将粪污堆放成具有一定高度和宽度的条垛，条垛式翻抛机骑跨在条垛上，通过滚筒或绞龙转动，将自然风从料堆两侧送入料堆，提供氧气，实现堆肥发酵。条垛式发酵设施投资少，条垛式翻抛机形式多样，价位不一。
高温密闭发酵罐式发酵是在一个温度、通风、搅拌均可实现人为控制的密闭发酵罐中进行，具有无臭味、发酵周期短，营养物质损失少等优势，但发酵罐设备造价很高，单次处理量小，适合禽类养殖场。
纳米膜堆肥是无需翻堆的堆肥方式，在运行过程中免翻堆能够节省很大的人工和耗能，通过膜覆盖之后，底部的曝气能给堆体内微生物提供足够的发酵所需的氧气，随着温度的上升，氨气，硫化氢等臭气的大分子外溢，但是纳米膜的微孔结构，能够阻挡外面的水分进入，但是能够将小分子的水分子穿过去，但是氨气、硫化氢能大分子不能通过，溶于膜表面的水蒸气最后返回到堆体再被微生物所利用，这样就达到了即除去水分，又没有臭味的效果，生产出了腐熟农肥，可以直接还田，也可以直接卖到有机肥厂进行商品有机肥的加工和生产。
目前优可发自主研发的ePTFE纳米堆肥膜就是该工艺技术的核心材料。该膜由ePTFE膜配合基材组合而成，使用复合膜密封畜禽粪便进行高温好氧发酵预发酵堆，可遮风挡雨避免恶劣气候的影响，同时又可让处理过程中产生的二氧化碳气体和水蒸气快速排出。
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