从改革的历史轨迹看，改革的过程实际上是一个横向不断分权的过程。从改革前高度集中的庞大的行政体系，到当前职能定位日渐清晰的政府、事业单位和企业三类不同的组织形态，高度集中的行政管理权逐渐从政府分权到企业和事业单位。
从事业单位的角度看，在计划经济时代，事业单位不存在行政化的问题，其本身就是行政体系的一部分。随着改革的深入，按照政事分开、事企分开、管办分离的原则改革事业单位，行政权力逐渐分权到事业单位，事业单位成为从行政体系中分离出来的、从事具体公共服务生产和提供的组织形态。与国外相比，当前的事业单位是我国特有的组织形态，具有公益性、非营利性、公立性等特点。
事业单位的职能定位也有一个日渐明晰的过程，同时由于涉及权力和利益的调整，政府机关对事业单位的分权一直不能到位、不够彻底，事业单位的管理体制和运行机制没有根本改变，与政府机关依然保持紧密的联系，除了市场之外，事业单位还能够通过政府来配置资源。
事业单位去行政化的应对思路
事业单位行政化的根本原因在于行政分权不到位、不彻底，要去除事业单位行政化，必须聚焦于政府对事业单位的分权，关注政府下放了哪些权力？谁来承接下放的权力？这些权力以什么形式下放？下放后的权力是否得到有效的监督？当前要去除事业单位行政化，应当从以下方面思考：
进一步明确事业单位的职能定位。当前政府机关、事业单位、企业之间的职能依然存在交叉，有些政府机关忙于微观事务的管理，干预了事业单位和企业的运行，同时忽视了监督管理职能，履行自身职能时出现越位、缺位；有些事业单位既承担政府机关的政策制定和监管职能，又从事具体公共服务的生产和供给，既当裁判员又是运动员，对其他公共服务主体形成不公；还有些事业单位同时提供公共服务和市场服务，容易形成二者之间的利益输送，挫伤了企业主体的积极性。要去除事业单位行政化，必须进一步明确事业单位与政府机关、企业三类组织形态的职能定位，将相互交叉的职能剥离归位：将政府职能中对于事业单位和企业微观管理的职能剥离出来，分别还给事业单位和企业；将事业单位承担的政策制定和监管的职能还给政府，将事业单位提供的不具有公共服务性质的产品和服务交由企业提供。通过职能剥离归位，使政府机关、事业单位、企业三类组织的职能更加清晰明了，按照各自的职能定位履职尽责。
建立和完善事业单位法人治理结构。政府机关向事业单位分权，首先是下放决策权和管理权，退出对事业单位的微观管理。事业单位要通过建立法人治理结构，承接政府机关下放的决策权和管理权。法人治理结构主要内容包括：决策监督机构，主要组织形式是理事会，事业单位的公共服务对象是公共服务的直接消费者，对公共服务的质量、数量、品种等拥有话语权，其代表在理事会中要超过半数；管理层，理事会的执行机构，由事业单位行政负责人及其他主要管理人员组成；事业单位章程，是法人治理结构的制度载体和理事会、管理层的运行规则。在法人治理结构基础上，逐步建立和完善事业单位的人事管理、财务管理和业务发展各项制度，形成激励约束机制，激发事业单位提供公共服务的活力。
改革公共财政支持方式。财政拨款是政府对事业单位的重要控制，也是事业单位行政化的重要诱因。要将政府对事业单位的财政拨款权下放给公共服务对象和相关当事人，由服务对象面向包括事业单位在内的所有公共服务主体购买公共服务，使各种公共服务主体具有平等的地位，形成竞争机制，这样促使事业单位加强内部管理，控制成本，提高公共服务的质量和效率。从分权的形式上，公共服务对象拥有公共服务的选择权，服务的质量、数量、品种、标准、价格等由相关当事人根据经济社会发展水平确定并进行年度更新。
建立有效的问责机制。政府分权的过程还必须是问责机制建立的过程，要使政府对事业单位的分权到位、彻底，必须对下放的权力进行有效的问责。在问责机制中，事业单位作为下放权力的承接者和公共服务主体，是必须接受问责的责任人，同时必须设立问责人，赋予其问责的权力，并建立问责人对责任人法定的问责关系。此外，须明确问责的范围和标准,通过有效的问责机制，确保下放的权力用于提供公共服务，确保事业单位公共服务的基本价值取向。
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