1954年9月20日经一届全国人大一次会议通过的宪法第三十五条规定：“全国人民代表大会认为必要的时候，在全国人民代表大会闭会期间全国人大常委会认为必要的时候，可以组织对于特定问题的调查委员会。调查委员会进行调查的时候，一切有关的国家机关、人民团体和公民都有义务向它提供必要的材料。”同时，全国人大组织法第三十条规定：“全国人民代表大会和全国人大常委会依照《中华人民共和国宪法》第三十五条的规定，可以组织对于特定问题的调查委员会。调查委员会的组织和工作，由全国人民代表大会或者全国人大常委会临时决定。”
立法设计并不断完善的人大特定问题调查制度，对特定问题的界定、调查的提议主体、调查委员会的人员组成、调查权的行使以及调查结果的运用等有不同程序的规定。
关于组织特定问题调查委员会的提议主体，法律规定明确。依据1989年制定全国人大议事规则第四十六条之规定，全国人大“主席团、三个以上的代表团或者十分之一以上的代表联名”；依据地方组织法第三十一条第二款之规定，县级以上地方各级人大““主席团或者十分之一以上代表书面联名”；可以向本级人大提议组织特定问题调查委员会。依据监督法第四十条之规定，“委员长会议或主任会议”、“五分之一以上常委会委员会组成人员书面联名”，可以向本级人大常委会提议组织特定问题调查委员会。如果不符合上述法律规定的主体，提议则不能成立。
关于特定问题调查委员会的人员组成，法律规定笼统。相关法律只明确了“调查委员会由主任委员、副主任委员和委员组成”的职位，只原则规定了组成人员的身份必须是代表（或常委会组成人员）。因此，在具体操作中应注意遵循以下几个原则：一是遵循谁提议谁参与的原则，吸纳领衔提议人或部分联名提议人参与调查委员会之中；二是遵循便于组织协调的原则，应在人大常委会主任会议成员中确定一名负责人作为调查委员会主任，副主任可由牵头的机构负责人担任；三是遵循专业对口的原则，由相应对口的人大专门委员会或人大常委会工作委员会牵头负责，必要时依法“调查委员会可以聘请有关专家参加调查工作”，但是这里要明确的是：如果这些参与调查的专家没有本级人大代表身份，则不能作为调查委员会成员参与表决；四是遵循法定回避的原则，“与调查的问题有利害关系的常务委员会组成人员和其他人员不得参加调查委员会”；五是遵循精干且便于表决的原则，调查委员会成员不少于3人，但也不宜太多，7至9人为宜，且应为奇数。
关于对调查的特定问题界定，法律规定原则。对在什么情况下可以组织特定问题调查委员会？监督法第三十九条只原则规定，人大行使决议决定权时，有关重大事实不清的，可以组织特定问题调查委员会。这个“有关重大事实不清”在实际操作中如何把握，值得探讨。关于对调查的特定问题界定，有法可依的事由有三处：一是1989年制定全国人大议事规则第三十九条规定的，全国人大行使罢免权时，可“由主席团提议，经大会全体会议决定，组织调查委员会”；二是１９９５年第三次修正时增加规定的现在仍在实施的地方组织法第二十六条规定的，县级以上地方各级人大行使罢免权时，也可“由主席团提议，经全体会议决定，组织调查委员会”；三是监督法第四十五条规定的，县级以上地方各级人大常委会行使撤职权时，也可“由主任会议提议，经全体会议决定，组织调查委员会”。除上述法律规定之外，笔者认为，界定“有关重大事实不清”启动特定问题调查，还应遵循以下原则：一是尊重代表或组成人员联名提议的原则。法定代表或常委会组成人员联名提议组织特定问题调查委员会，想必有关特定问题的重大事实和真相，代表委员们始终搞不清楚；因此，认为只有联名提议组织特定问题调查委员会予以调查，才能还原事实真相。二是遵循非调查不可的原则。特定问题调查具有法律的严肃性、决策的权威性，非特定问题不清楚不宜启动；有关重大事实不清可以通过询问、质询、规范性文件备案审查等监督手段能够搞清楚的，可以由人大及其常委会相关机构能够胜任完成的，就没有必要启动特定问题调查。三是遵循不越俎代庖的原则。特定问题调查既不能失职也不能越权，涉及依法应该由“一府两院”能够解决处理的问题，人大方面不能先入为主；只有在出现不“对人大负责、受人大监督”的情况下，才有必要考虑组织特定问题调查委员会将问题搞清楚并作出相应决议、决定。
关于特定问题调查委员会调查权的行使，法律有特别规定。关于特定问题调查委员会调查权的行使，监督法第四十二条特别规定了两项重要权力：一是材料获取权：“调查委员会进行调查时，有关的国家机关、社会团体、企业事业组织和公民都有义务向其提供必要的材料。”二是保密权：“提供材料的公民要求对材料来源保密的，调查委员会应当予以保密。”“调查委员会在调查过程中，可以不公布调查的情况和材料。”除此之外，笔者认为：因为特定问题调查委员会是人大及其常委会决定组织成立的，“一府两院”被调查机关应从对人大负责、受人大监督的角度予以协助，不得非法干扰；人大及其常委会应在职权范围内对调查委员会给予一切必要的授权。
关于特定问题调查结果的运用，法律有程序规定。监督法第四十三条规定：“调查委员会应当向产生它的常务委员会提出调查报告。常务委员会根据报告，可以作出相应的决议、决定。”基于组织特定问题调查委员会的前因是“需要作出决议、决定，但有关重大事实不清的”而设立的，因此特定问题调查报告应针对人大及其常委会需要决议、决定的事项展开调查并得出结论。特定问题调查委员会的调查结论只是供人大及其常委会行使决议决定权的参考意见，并不能代行人大及其常委会的意见；但人大及其常委会应依据特定问题调查委员会的调查结论进行相应的会议表决，作出决议、决定。特定问题调查委员会的调查报告一般可按以下程序处理：第一步，形成书面调查报告。确定专人根据调查情况撰写调查报告，调查报告应包括调查的组织领导、调查过程、调查结论及该结论所依据的事实、调查处理建议。调查报告应经过特定问题调查委员会会议集体讨论，表决通过。第二步：列入议程。由大会主席团或主任会议（委员长会议）决定将调查报告提交人大及其常委会会议审议。第三步：听取和审议。调查委员会向人大及其常委会会议报告调查情况，人大及其常委会进行审议并可对调查报告情况进行询问。第四步：决议、决定。在有关特定问题重大事实真相清楚的情况下，依法表决作出相应决议、决定。
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