在成功开展新安江流域上下游横向生态补偿的基础上，为调动省内流域上下游地区生态保护积极性，浙江省财政厅、省环保厅、省发改委、省水利厅等四部门制定出台国内首部《关于建立省内流域上下游横向生态保护补偿机制的实施意见》。
从2018年起，在省内流域上下游县（市、区）探索实施自主协商横向生态保护补偿机制，到2020年基本建成。2018年率先在钱塘江干流、浦阳江流域实施上下游横向生态保护补偿，鼓励其他饮用水源保护等受益对象明确、双方补偿意愿强烈的相邻县（市、区）同时开展。
相关县（市、区）名单如下↓↓
《意见》明确流域上下游县（市、区）政府作为责任主体，通过自主协商，建立“环境责任协议制度”，通过签订协议明确各自的责任和义务。省级相关部门作为第三方，对生态保护补偿政策实施给予指导，并对协议履行情况实施监管，同时对重点流域的横向生态保护补偿给予引导支持。
流域上游地区如何妥善处理经济社会发展与资源节约、环境保护的关系？如何享有水质改善、水量保障带来利益的权利？下游地区如何充分尊重上游地区为保护水环境而付出的努力，对上游地区予以合理的资金补偿？
《意见》对补偿方式、补偿标准等事项作了明确。
✔ 明确补偿基准
将流域交接断面的水质水量和上下游县（市、区）的用水总量和用水效率作为补偿基准，以交接断面水质自动监测系统数据为考核依据。
✔ 科学选择补偿方式
流域上下游地区可根据当地实际需求及操作成本，除资金补偿外，可探索开展对口协作、产业转移、人才培训、共建园区等补偿方式。
✔ 合理确定补偿标准
流域上下游地区应当根据流域生态环境现状、保护治理和节约用水成本投入、水质改善的收益、下游支付能力、下泄水量保障等因素，每年在500-1000万元范围内协商确定。
✔ 建立联防共治机制
流域上下游地区应当建立联席会议制度，按照流域水资源统一管理要求，协商推进流域保护与治理，联合查处跨界违法行为，建立重大工程项目环评共商、环境污染应急联防机制。
✔ 签订补偿协议
补偿基准、补偿方式、补偿标准、联防共治机制等，应通过流域上下游地方政府签订具有约束力的协议等方式进行明确。
✔ 中央及省级资金引导
浙江省流域上下游横向生态补偿机制得到了财政部、环保部的充分肯定，并获得中央财政1.5亿元奖励。中央资金将有限奖励达成协议的流域地区，鼓励各地早签早得。此外，省财政通过水质考核奖惩、“绿色指数”给予引导支持，鼓励早建机制。
《意见》明确，省级部门要强化对流域上下游横向生态保护补偿机制建设的业务指导；各市要明确工作任务及时间表，积极推动本行政区域内流域上下游地方政府尽快达成横向生态保护补偿协议；对纳入横向生态保护补偿机制的流域地区，省级财政部门要会同有关部门对相关地区流域上下游横向生态保护补偿工作开展情况进行绩效评估。
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