张仲景运用五味子主要用来治疗“咳逆上气”，即咳喘病证，典型配伍为干姜、细辛、五味子，用来治疗寒饮咳喘，干姜、细辛温化寒饮，五味子收敛肺气，避免干姜、细辛等辛温之药耗伤肺气。

正如邹润安云：“《伤寒论》中，凡遇咳者，总加五味子、干姜，义甚深奥，经云'脾气散精，上归于肺’，是故咳虽肺病，而其源实主于脾，唯脾家所散上归之精不清，则肺家通调水道之令不肃，后人治咳但知润肺消痰，不知润肺则肺愈不清，消痰则转能伤脾，而痰之留于肺者究莫消也。

干姜温脾肺，是治咳之来路，来路清则咳之源绝矣；

五味使肺气下归于肾，是治咳之去路，去路清则气肃降矣。

合两药而言，则为一开一阖，当开而阖是为关门逐盗；当阖而开则恐津液消亡，故小青龙汤及小柴胡汤、真武汤、四逆散之兼咳者皆用之，不嫌其表里无别也。”