关于福王就藩的问题，叶向高为代表的朝臣和万历又进行了一场激烈的斗争，最后双方各退一步，但万历还是很不爽。
“我给我儿子太子你们管，我给我儿子土地你们还要管，这天下还姓朱吗？”
因为不爽，所以万历更加怠政，所以在朝的官员越来越少，少得可怜。
就这样，朝堂内部还要窝里斗，以万历三十九年为例，此年为辛亥年，按道理来说又要京察，这次斗争之后由东林党发起也由东林党胜出，昆党宣党基本被消灭。
但这次胜利的背后，也为下次的失败埋下了种子。
叶向高因为在福王问题上表现尤为突出，看到国家这个样子，叶向高也有心无力，再加上年老体弱，便和其他人一样，请求辞职。
更主要的是因为党争。
万历四十年，齐楚浙等三党以熊廷弼案、李三才案等为突破口，借机对东林党发起进攻，把前一年京察“吃了我的给我吐出来，拿了我的给我还回来”。
叶向高辞职后，接替他的人是方从哲。
当时还有内阁辅臣吴道南。
这是叶向高写了一百多封奏疏才换来的。（章至百余上，帝始用方从哲、吴道南）
叶向高时期的情况是，六部尚书有一部有尚书（吏部赵焕），都察院连续八年没有管事的，就连常务副院长（佥都御史）都没有，巡抚、御史、天下州县官员空缺一半，用小沈阳的风格来说就是：
房子都有，就是人没了。（曹署皆空）
方从哲和吴道南面对的情况更加特殊，刚上来就卷入了万历四十三年的“梃击案”。
事情的概述就是太子朱常洛于皇宫大内中差点被一社会闲散男子拿着木棒打了的案件。
朝野哗然，吵成一片，矛头直指郑贵妃和福王朱常洵。
争国本的问题再加上党争，合二为一矛盾升级，唾沫口水，腥风血雨，最后万历亲自出面把事情压了下来。
但事情并没有结束，梃击案作为明末三大案的第一案之后在天启朝崇祯朝南明时期都成为党争的工具，成为了党争的“陈芝麻烂谷子”，想要找事就从梃击案说起，“后三案之反复，为邪正朋争报复惨杀之枢纽）
同年，努尔哈赤正式确立八旗制度。
有一次上朝，居然被一百多号上访群众围堵了，一问才得知原来是镇抚司犯人的家属。
镇抚司常年缺少官员，积压的案子堆积如山却无人处理，结果不管犯了大事小事都成了无期徒刑。
今天不时看到新闻还有人为了生存自愿去监狱，原因就是监狱管饭，这种思维如果放在明代，那就是“寿星公上吊——找死”。
不单是明代，中国古代都是这样，经典案例可参考入选中学语文课本的清人方苞《狱中杂技》。
所以，这种实际上的无期徒刑造成的实际后果就是死刑，不过是自然死亡。（监禁日久，死亡相继）
这一年，是万历四十五年二月。
而这一年，又是京察年，是为丁巳京察。
次辅吴道南等人因为党争而辞职，有一些则被免职，好几个部门的总算有个代理也因此离职，此次党争东林党大败。
因为党争，庙堂上的局面又回到了当初最糟糕的形势，这样看来似乎并不是不可以接受，举朝上下还是忙着争国本、忙着党争，万历忙着怠政，群臣忙着结党，大家都很忙，不过忙的都不是正事。
三大征，矿税采榷，争国本，党争，万历怠政，似乎让明朝上下一片混乱。
但放在整个中国大历史观之，万历年间还远远没有到王朝末期的土地兼并激烈，贪官污吏横行，天下烽烟四起的地步，与之相比万历时期不仅不混乱还是一个王朝中期典型的太平无事，四海升平，商品经济高度繁荣，文化事业蒸蒸日上，站在当时来看，万历年间并不算一个糟糕的年代，起码处于中上水平。
就和明朝自身纵向观之，堪称中国历史上农民战争巅峰的明末农民大起义也还远未爆发，即使那时明朝也并未一开始就陷入必败的泥潭。
黄仁宇先生《万历十五年》中对万历十五年是这样描述的：
“1587年，是为万历十五年，岁次丁亥，表面上似乎是四海升平，无事可记”。
这句话同样可以适用于三十年后的万历四十五年，也包括这句话的后半句：
“实际上我们的大明帝国却已经走到了它发展的镜头”。
而就在万历四十五年的一年前，万历四十四年的正月，努尔哈赤在赫图阿拉称汗，建立金，年号天命，也称为天命汗。
按照官方的说法，这种行为叫做改元称帝，所谓“天无二日民无二主国无二君”，也就是反革命，另立中央。
这个消息，当时明朝并不知道。
万历四十五年，科尔沁贝勒明安前往赫图阿拉朝贺。
这是一件微不足道的小事，就当时而言明朝连努尔哈赤建立后金这么大的事情都不清楚更不要说明安了。
无数年后，当皇太极带领八旗铁骑绕过正面关宁锦防线从长城突破直抵北京城下的时候，作为向导的就是科尔沁部落。
细节决定成败，细节影响历史。
而带来这一切的，把明朝内部这些矛盾催化加剧使其发酵的努尔哈赤，这些年做的事情对外统一女真，李成梁万历三十六年卸任辽东总兵之前就已经消灭海西女真四部之二部，万历四十一年消灭乌拉部，基本完成对女真的统一。
对外是重要的，但“革命的堡垒往往是从内部先被攻破的”，“后院起火”“每一个成功男人背后都有一个默默支持的女人，每一个朝代背后都有一群稳定的统治集团”，“攘外必先安内”，相比较更重要的是努尔哈赤对内部的整合。
不是确立满文，不是确立八旗制度，不是几张纸几个规定定立几项制度，不是温情脉脉，不是三天一小会五天一大会，是挥起的屠刀，是血雨腥风，是清入关前的疑案，因为它的对象都是努尔哈赤的至亲。
万历三十七年，幽禁十三副遗甲起兵之初坚定跟随自己的亲弟弟舒尔哈齐，囚禁致死；万历四十三年，处死自己一度确立为接班人的长子褚英。
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