蒙古大军于1259年9月从阿哲儿拜占出发向叙利亚进军，乃蛮部聂思托里安教徒怯的不花那颜率先头部队出发，由库尔德斯坦之道南下进入阿勒贾兹拉省，旭烈兀占领努赛宾（尼西比斯），接受了哈兰和埃德萨的投降，屠杀曾经反对过他的塞伊汉城居民。在攻占比雷吉克之后，旭烈兀渡过幼发拉底河，洗劫了门比杰，围攻阿勒颇。纳绥尔素丹不是在阿勒颇城内组织抵抗，而是继续留在大马士革。阿勒颇的雅各派大主教、历史学家巴赫布拉攸斯前来会见蒙古人，并向旭烈兀表示效忠。
1260年1月18日，旭烈兀率领的蒙军与海屯和波赫蒙德六世分别率领的亚美尼亚和法兰克援军开始围攻由原阿尤布朝王公图兰沙驻守的阿勒颇城。“他们把20门弩炮推入阵地，1月24日他们进入该城。他们是在一次大胜后占领了除城堡以外的阿勒颇城的，城堡一直坚持到2月25日。”他们按成吉思汗的方式对该城进行了彻底的、系统的大屠杀，屠杀持续了整整6天，直到1月30日旭烈兀才下令结束。亚美尼亚海屯王放火烧大清真寺，而雅各派教堂自然幸免。旭烈兀把一些战利品分给海屯，并把阿勒颇的穆斯林曾经从亚美尼亚境内夺去的几个地区和城堡归还给他。旭烈兀把自萨拉丁时代以来就被穆斯林占有的、属阿勒颇公国的土地给波赫蒙德六世。
整个穆斯林叙利亚一片恐慌，一些穆斯林王公未等蒙古人到来就前来表示归顺。在阿勒颇城前，旭烈兀接见过霍姆斯前王、阿尤布朝的阿什拉夫·穆萨，他已经被他的人民推翻，现在旭烈兀又使他复位。阿勒颇城陷落致使哈马城不战而降。纳绥尔素丹像在阿勒颇一样，没有努力保卫大马士革，在听到阿勒颇失陷的消息后，他逃往埃及。被守城军遗弃的大马士革提前投降了。1260年3月1日怯的不花率领蒙古占领军团、在海屯王和波赫蒙德六世的陪同下到达大马士革。大马士革的行政移交给一位蒙古长官，并由三位波斯文官协助。曾坚持抵抗的城堡于4月6日投降，怯的不花按照旭烈兀的命令亲手砍下城堡长官的头。
在以后的三个星期中，怯的不花完成了对穆斯林叙利亚的征服。蒙古军进入萨马里亚，把纳不鲁斯驻军全部砍死，因为他们进行过抵抗。蒙古军未受阻地长驱直入，直达加沙。纳绥尔素丹在比勒加斯被俘，怯的不花用他去迫降阿杰伦驻军，然后把他送到旭烈兀处。在巴尼亚斯实施统治的阿尤布朝幼支，重新集结在征服者一边。
对当地的基督教徒来说，无论是叙利亚的一性论异端派，或者是希腊教派，蒙古人进入大马士革似乎是对遭受了6百年压迫的基督教徒的正当报答。他们列队上街游行，在行进中他们唱着赞美诗，拿着十字架，强迫穆斯林在十字架前肃立。他们一直来到倭马亚朝清真寺，“在清真寺内，他们打钟、喝酒。”提尔的圣殿骑士谈到海屯王及其女婿波赫蒙德六世，在帮助蒙古人征服了大马士革后，怯的不花允许他们把一座清真寺改为俗用，或者说把一座穆斯林用来作拜功的原拜占庭教堂归还给基督教徒们使用。穆斯林们向怯的不花抱怨，但是，他却凭他的爱好行事，参观教堂和主教们主持的各种基督教徒的忏悔，没有满足穆斯林的任何要求。
这些征服似乎永无休止，直到一件意外事情的发生才结束。蒙哥大汗于1259年8月11日在中国去世，旭烈兀兄弟忽必烈和阿里不哥之间为争开位爆发了战争（参看285页）。旭烈兀排行第四，他远离蒙古，无论如何关于选举有足够的规定，他没有被提为候选人，而他对忽必烈表示同情，他的支持，或者说他的调停也许是需要的。旭烈兀还明白，他的堂兄弟、钦察汗的别儿哥正在高加索边境上对他造成威胁，别儿哥偏爱伊斯兰教，而旭烈兀偏爱基督教，别儿哥谴责旭烈兀对报达的屠杀。由于这些原因，旭烈兀在叙利亚和巴勒斯坦留下一支占领军，由怯的不花统率，自己返回波斯。据基拉罗斯，这支占领军缩减到两万人，尽管海顿提出的数字是不会超过一万人。
现在统治着蒙古人的叙利亚和巴勒斯坦的怯的不花十分倾向于该地的基督教徒，这不仅是因为他本人是聂思托里安教徒，似乎还因为他意识到这样做对法兰克－蒙古联盟双方的好处。遗憾的是，尽管安条克－特里波利王波赫蒙德六世可能在此问题上与他看法一致，但是，阿迦的男爵们仍视蒙古人为野蛮人，甚至他们宁愿要穆斯林，而不要这些野蛮人统治。其中西顿的儒连伯爵攻击蒙古巡逻队，杀死怯的不花的侄儿。被激怒的蒙古人为报复洗劫了西顿。法兰克人与蒙古人之间的联盟，无论是公开的还是暗中的，到此结束了。
这一破裂使穆斯林鼓起新的勇气，因为尽管阿勒颇－大马士革的阿尤布朝苏丹国已经被征服，但那儿仍保留着一支强大的穆斯林军队，即马木路克军，以及埃及苏丹国的君主们。马木路克是雇佣军，主要是突厥人，他们组成了埃及阿尤布王朝苏丹们的军队，1250年他们推翻了阿尤布王朝成了埃及的主人，他们的将军们成了埃及的苏丹。当时在开罗进行统治的马木路克苏丹是忽都思（1259－1260年在位），他意识到形势正在朝着对他有利的方面转化。旭烈兀与蒙古主力军一旦起程回波斯，怯的不花若无沿海法兰克人的援助，靠最多只有两万人的驻军维持征服地区将是不可能的。既然这些法兰克人已经与他决裂，马木路克军可以行动了。1260年7月26日，他们的先头部队在异密拜巴斯的统率下离开埃及前往巴勒斯坦。由拜答几指挥的一小支加沙蒙古占领军被打垮。阿迦的法兰克人不是与怯的不花言和，反而允许马木路克军过其境和在阿迦城下补充粮草。
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