成吉思汗1206年统一蒙古高原，创建大蒙古国，1220年定都哈剌和林。但是直到他去世，也没有开工兴建，并且《蒙古秘史》、《史集》、《圣武亲征录》等详细记述成吉思汗历年史事的史料中都未提及建都一事，故“太祖十五年定都哈剌和林之事”，尚待考证。
哈剌和林在鄂尔浑河的上游地区，自古以来是匈奴、鲜卑、柔然、突厥、回鹘等北方游牧民族活动的地域，古代的匈奴人到中世纪初期的东突厥人，都曾经在这里建都。八世纪时，回鹘可汗们在附近的哈剌巴剌哈森建立了斡耳朵八里，即宫廷之城。哈剌和林是理想的建都之地，这里草原丰美，水源充足，附近的山脉在寒冬季节是畜群的天然避难所。
窝阔台继位后，就坐镇哈剌和林管理朝政。根据蒙古人幼子守产的习惯，位于斡难河和怯绿连河的蒙古部故地已是成吉思汗幼子拖雷的封地，因此窝阔台就决定正式启用哈剌和林作为都城。1234年灭金以后，蒙古世界帝国的地位已经确立，国家事务日益繁多，各地奏事官员和外国使节频繁来朝，迫切需要建立都城，营建与帝王身份相匹配的宏伟宫阙。加之赋税制度使国库有了稳定的收入，使窝阔台感到需要学习中原汉地的制度文化，常设管理机构和公务人员。1235年春，窝阔台下令扩建哈剌和林都城并兴建万安宫。
哈剌和林由外城和宫城两个部分组成，以典型的蒙古风格修建。由窝阔台向草原的一边射出一箭，然后根据箭的方向，在一支箭的标准射距处建筑起宫殿的一翼，用同样的方式建起另一翼，并在中间用一座巍峨的宫殿把两翼连接起来。在宫殿的四周筑起一堵坚固的石墙，正是由于这些墙的缘故，这个地方才获得“哈剌和林”的名称，其意为“黑色城墙”。
哈剌和林是蒙古帝国的政治中心，帝国前四汗中的后三汗，窝阔台汗、贵由汗、蒙哥汗均坐镇此地，指挥蒙古大军的南伐与西征，所有的重大决策和号令都在这里制定、发布。随着蒙古对欧亚大陆大部分地区的征服，哈剌和林成为当时世界上最强大的权力中心。窝阔台时期建立驿站制度，设置了哈剌和林到中原的驿道，又设置从哈剌和林到察合台汗国，再从察合台汗国到金帐汗国的驿道，这些以哈剌和林为中心，连接中原与西域兀鲁思的驿道，加强了中央政府对各地区的管理和统治，也使帝国与各地区、和西域各国的经济联系起来。
1259年，蒙哥汗在征伐南宋途中去世。忽必烈于1260年抢先在开平称汗，5月，阿里不哥在哈剌和林召开忽里台大会，宣布继承汗位。于是，蒙古帝国出现两都对峙，两汗对立的局面。经过四年内战，阿里不哥势孤力竭，于1264年向其兄忽必烈投降。在之前的1263年，忽必烈改开平为上都，是年，又升燕京为中都。1271年，正式建国号大元，将中都改为大都。蒙古帝国的统治中心及都城由漠北移至漠南中原地区，哈剌和林帝国首都之地位遂被废罢。
1368年元朝灭亡，元顺帝妥懽贴睦尔北走应昌，两年后病逝。皇太子爱猷识理达腊在哈剌和林即位称汗，仍用元为国号，史称“北元”。
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