忽必烈和阿里不哥称汗后，都认识到察合台汗国在他们争夺汗位斗争中的作用，两位大汗分别发出圣旨，指派自己的代理人前往察合台汗国即位。
本来合剌旭烈兀死后，蒙哥已命其子木八剌沙继其父之位，因其年幼，将权柄授予其母兀鲁忽乃妃子。而忽必烈命察合台曾孙阿必失哈归国即位，实际上就是要木八剌沙母子交出政权。但他刚进入唐兀惕界，就被阿里不哥之党捕获，阿必失哈是宗王，正统黄金家族血脉，于是交由蒙哥之子阿速带行刑处死。阿必失哈被杀，使忽必烈失去了左右察合台汗国的机会。在另一边，阿鲁忽奉阿里不哥旨意登上察合台国汗位。阿鲁忽是察合台之孙，跟随阿里不哥为时已久，被视为心腹，在汗位之争中站在阿里不哥一边。
阿里不哥兵败忽必烈，从和林出走，退至吉利吉斯他自己的封地。在此之前，和林和漠北所需的粮食、物质都由汉地车载转运。两汗战争开始后，忽必烈下令禁绝粮道，阿里不哥军队马上就陷入了饥馑，军心发生动摇。谦州地处高寒，所获有限，难以维持大量军队的消耗，依靠汉地粮秣不行，阿里不哥遂转而求诸于西方。阿里不哥不仅希望阿鲁忽送来给养，而且还要他沿阿姆河布防，阻止旭烈兀东援，与其兄忽必烈合军，形成夹攻之势。这样，阿里不哥交给阿鲁忽的，就不仅是察合台的封地，而是忽阐河以东、阿姆河以北的整个中亚地区。这是一块既可载畜又可农耕的优良之地，阿鲁忽控制了察合台兀鲁思后，有了发展的资本，心理也发生了变化。
阿鲁忽从察合台封地忽阐河以东草原进入阿姆河以北地区，本来只是阿里不哥的权宜之计，而当原别十八里等处行尚书省控制的土地、军队、部众和物质一下都落到阿鲁忽手上时，使他与“蒙古大汗”阿里不哥的实力对比发生了根本性的变化。忽必烈称汗以前，由于蒙哥的镇压，察合台汗国已经逼仄一隅，在大蒙古国政治中无足轻重。借两汗之乱，阿鲁忽奉旨登位，察合台汗国才迅速膨胀，成为一个真正的政治实体。但察合台汗国能否强大和独立，关健在于它能否削弱蒙古大汗在中亚的势力。而此时双方力量此消彼长，阿里不哥在漠北败于忽必烈，不仅实力大损，威信也大为跌落，使阿鲁忽敢于公然跟大汗争夺阿姆河以北地区。
阿鲁忽叛阿里不哥的事件，是他纵容属下拘捕了阿里不哥征集军需的使臣。阿鲁忽作为心腹被派往阿姆河以北和忽阐河以东的主要使命，就是要为阿里不哥提供军需物资。他把阿里不哥使臣征集到的物资拒为己有，以此表明现在他才是这片广大区域的新主人。
但阿鲁忽统治下的察合台汗国，尽管迅速强大起来，但其力量还不足以划地自守，它仍然是大蒙古国内的一个藩国，而他还是一个藩王，只是他起初受命于阿里不哥，现在他必须归附忽必烈。阿鲁忽是察合台汗国的实际创立者，是察合台汗国历史上著名的可汗，阿鲁忽在特定的条件下获得了成功。
阿鲁忽的归附，使忽必烈的势力从东到西连成一片，阿里不哥再没有取胜的机会。忽必烈授予阿鲁忽的圣旨，承认阿鲁忽对阿姆河以北地区的统治权，使阿鲁忽坚定地选择重新站队，回头与阿里不哥作战。究其原因，就是因为阿里不哥不承认阿鲁忽对这块原属于大汗的土地的所有权。
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