在司法实践中，主要注意以下两点：
一是要与有关的变造增值税专用发票行为区分开来。所谓变造增值税专用发票是指在真增值税专用发票的基础上或者以真增值税专用发票为基本材料，通过挖补、剪贴、涂改、揭层等加工处理，使原增值税专用发票改变数量、形态和面值的行为。有的通过变造以改变数字从而达到偷、漏税的目的，取得和虚开增值税专用发票一样的效果。现行刑法对变造增值税专用发票的行为如何认定处理没有明确规定，因而对变造行为的归属便产生了分歧。
一种意见认为，变造程度不是很大，牟取非法利益较小的不以犯罪论处。一种意见认为，变造程度不大，以偷、逃税赋或出售为目的，获取非法利益较大的以虚开增值税专用发票罪论处；变动程度较大，获取非法利益较大的以伪造增值税专用发票罪论处；变动程度小，情节轻微的可不以犯罪论处。
还有一种意见认为所有的变造行为都应视为伪造行为。从理论上讲，我们认为第二种意见较为合理。首先，变造行为与伪造行为毕竟有所不同。变造行为是在真增值税专用发票的基础上，用剪贴、挖补、拼凑等方法加以改造；而伪造则是仿照增值税专用发票的基本内容、专用纸、荧光油墨、形状等形式，使用印刷、复印、描绘、拓印等各种制作方法，非法制造假增值税专用发票，据以冒充真增值税专用发票的行为。无论是从社会危害方面还是从人伦情理方面来看，伪造较变造恶劣，因而在处理上亦应体现区别对待原则。
其次，以增加抵扣税款为目的，轻微变造增值税发票数字，此客观行为与虚开行为大同小异，二者危害结果是一样的，皆使国家税款流失。但在司法实践中，我们应按第三种意见执行。理由是：最高人民法院1996年10月17日发布的《关于适用<全国人民代表大会常务委员会关于惩治虚开、伪造或者非法出售增值税专用发票犯罪的决定>的若干问题的解释》规定，对于变造行为按照伪造增值税专用发票行为认定处理。因此，在没有新司法解释出台的情况下，我们仍要参照这一解释贯彻执行。
二是虚开增值税专用发票犯罪的未遂问题。有人认为，虚开增值税专用发票犯罪的目的是为了非法抵扣税款，如果行为人仅虚开了增值税专用发票而没有非法抵扣税款，则应认定为犯罪未遂。我们认为这种观点是不正确的。因为我国刑法第205条第4款已明确规定，虚开增值税专用发票是指有为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开行为之一的。行为人只要实施上述四种行为中的一种，且达到定罪标准的，即可构成虚开增值税专用发票罪。所以从立法的角度可以看出，虚开增值税专用发票犯罪是行为犯，而非其他犯罪类型。因此，只要行为人虚开了增值税专用发票，即使没有能够抵扣税款，仍属犯罪既遂，而不能认定为未遂。那么虚开增值税专用发票犯罪有无未遂形态？我们认为虚开增值税专用发票犯罪一般不存在未遂，但如果行为人在虚开过程中，还没来得及将虚开发票行为完成即被查获，这种情况是可以认定为未遂的
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