不用并不一定就好。如果常规农业生产能够实现农药和化肥的精确投放，那么产出的农产品就是安全的，不会因为化学品的残留而对人体产生危害。
更营养假说
支持者认为，有机食品与常规食品的营养成分并无显著差别；反对者则认为已有研究未能涵盖有机食品的特殊指标，需要继续深入
至今，科学界尚未拥有足够确凿的科学证据，支持有机食品更有营养的观点。至少，国内外已有的多项研究表明，有机、散养和圈养鸡所产的蛋之间，营养价值并无区别。
“这几年，我的病人总是问我有机食品到底有没有好处，应不应该买，这搞得我很困惑。”斯坦福大学健康政策学院德纳·布拉瓦塔(Dena Bravata)博士在接受媒体采访时称。为了找到明确的答案，她和十几名研究人员搜索了1966年—2011年间发表的6000多篇比较有机和常规食品的论文，并挑选出相关度最高的240篇进行分析。
这个研究团队于2012年得出结论：跟常规蔬果相比，有机蔬果的维生素类、蛋白质、膳食纤维等主要营养物质并无差别。有机食品中磷和酚类物质的含量确实普遍高于常规食品，但论文的主要作者史密斯·斯潘格勒认为，由于很少有人会缺乏磷和酚类物质，这项发现并没有特别大的意义。
此前英国一个大型研究的结果也让有机食品企业感到失望。2009年，《美国临床营养学杂志》刊登的这篇论文称，单从营养角度看，有机食品同常规食品差不多。这项研究由英国食品标准局资助，英国伦敦卫生和热带医学学院的研究人员检索了从1958年到2008年的数万篇相关文献，对其中有价值的100多篇进行了系统分析。结果发现，在氨基酸、脂肪酸、糖、维生素、矿物元素等13种营养成分中，有10种有机食品和常规食品中的含量没有明显差异；两者只是在3种维生素的含量上略有不同，且是因为肥料使用方式不同、收获时间不同、成熟度不同所致。
据此，英国食品标准局对有机食品采取中立态度，既不支持，也不反对。
上述两项研究发表后，掀起了两轮关于有机食品的价值争论，支持者认为可以盖棺定论：有机食品与常规食品的营养成分并无显著差别；反对者则认为已有研究未能涵盖有机食品的特殊指标，需要继续深入。
杜相革领导的团队也在开展相关研究，目前尚未发表论文。他表示，有机生产方式可提高作物的营养品质，这很难用常规数据衡量。
基于科学的争论在继续。然而，大多数有机食品生产者和消费者已经形成“天然的东西就是好的”成见。事实上，有机农业的初衷在于：减少化肥、农药对环境的污染，以补偿生态环境。
直到上世纪20年代，化学品才广泛进入种植业，此前人类农业的生产方式大部分都是有机的。上世纪60年代的嬉皮士运动推动了美国的有机产业。嬉皮士们崇尚自然，拒绝消费以非天然方法生产的食物。1978年参与创立美国现在最大的有机超市——全食——的麦基(John Mackey)就是一个嬉皮士，他早年是素食者，然后戒吃任何动物产品(包括乳制品和鸡蛋)，最后放弃了任何加工食品(包括植物油和糖)。德国人施泰纳(Rudolf Steiner)则倡导农民在动物、土地和作物中取得平衡，并在农场中示范如何实践这样的哲学。
不同于欧美消费者积极组成联盟、监督有机种植，推动反农药使用运动，保护生态环境，随着食品安全事件频发，杜绝使用化学品的有机食品，被中国的消费者误解为“最安全、健康的食品”。
而消费者的恐慌心理，为原本被认为是次文化的有机食品带来了商机，有机食品企业有意无意加以巧妙利用——在宣传中夸大化学农药和化肥的危害，渲染有机食品的零污染和纯天然，把环境保护、食品质量和食品信息的可追溯性推到前台，使消费者相信有机蔬果更安全。然而将有机食品描绘得更营养更安全会误导消费者，最终伤及生产者和消费者之间的信任。一家有机农庄的经营者孙德玮说，“整个(有机)行业缺乏告诉消费者真相的勇气。化学农业和有机农业是平等的，只不过针对不同的目标。”
2014年6月13日，国家卫生计生委宣布，已开发出一款食品添加剂公众查询软件，将于近期上线。消费者输入某种食品名称，软件会立即告知哪些食品添加剂对这种食品是安全的，安全的量值是多少，而哪些是违法超标的添加剂，也会一目了然，之所以推出这款软件，正是由于近年来非法添加等导致一些食品安全事故，加上一些企业、机构的“无添加”“有机”食品的虚假宣传和误导。
有机农业在发达国家的农业中只有5%－10%的份额，很难达到更高比例。有机产品的监管也很不容易。据统计，仅2012年至2013年间，上海出入境检验检疫部门就截获不合格进口有机产品共300多批，主要涉及果汁、果酱、水果干、饼干、巧克力、豆奶、意大利面等近40个品种。
4月21日，国务院明确2014年质量工作重点之一，是完善无公害农产品、绿色食品、有机食品等的监管机制。正谷(北京)农业发展有限公司董事长张向东也表示，那种认为靠有机农业来挽救食品安全危机的思路，是完全错误的。有机农业和有机食品应该回归本义，才能真正持续健康的发展。
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