行政机关行使职权时实体上合法是什么意思？

国家行政机关在执行职务的时候，要遵守合法原则，合理原则，程序正当，高效便民等等原则。

你的提问，主要就是针对的合法原则，合法原则包含实体合法和程序违法。

所谓的实体合法，主要还是针对抽象行政行为，指的就是在实际过程中有没有违背当事人的权益，例如 在笔录上需要当事人签字并阅读，可能实际上直接就签字了，没有让阅读。

程序违法就是国家规定的程序，没有按照规定进行。