重器重用 超级算力加速新冠病毒基因组特性研究
本报记者 刘 艳
科技战疫进行时
如国家超级计算深圳中心主任冯圣中所言：“科学阻击疫情的每个环节，都需要超算来支撑。”
3月3日，英特尔、联想及华大基因宣布正携手加快COVID-19新型冠状病毒的基因组特性分析。通过这项合作，华大基因将得以继续优化其新型冠状病毒检测试剂盒并获取大量有价值的信息，有助于确定开发有效疫苗或治疗方法的潜在靶标。
联想集团高级副总裁、企业科技集团总裁童夫尧说：“来自英特尔及联想的大数据分析和健康与生命科学方面的专家，将整合我们的资源及专业技术，帮助解决目前面临的严峻挑战，推动健康和生命科学的发展进程。”
在英特尔和联想为华大基因提供的包括硬件、软件、交付及服务的端到端解决方案中，大型高性能计算（HPC）集群用于处理从华大DNBSEQ-T7 测序系统读取的高通量数据，支持科学家研究病毒的毒性、传播模式、病原体与宿主间的相互作用，进而助力流行病学及疫苗设计研究。这些工作对未来创建更好的诊断方法和设计有效的疫苗或其他保护性措施（例如免疫疗法）至关重要。
在软件方面，通过英特尔和联想的共同努力，联想超算技术支持并优化的“基因组优化和可扩展性工具”（GOAST，首个获得英特尔精选解决方案验证的基因组分析工具），可为全基因组测序和全外显子测序的计算提供高达40倍的加速，帮助华大基因更快生成可靠的基因组分析成果，缩短科研和临床观察的时间。
英特尔公司市场营销集团副总裁兼中国区总经理王锐说：“华大基因通过分析病毒基因组数据，加速对感染者的快速识别和基因组特性的研究需要投入巨大的计算资源，这恰恰是我们可以发挥作用的地方。”
在基因测序工作中，每毫升体液通常包含数百万个不同的病毒体，而每个病毒体的基因组则包含大约30,000个DNA碱基或字母。华大基因目前对感染患者和疑似感染患者的微生物基因测序研究工作将生成TB级乃至PB级的海量数据。
“华大基因已对数百份临床样本进行了测序，以分析和区分感染的并发症。”华大基因首席信息官晋向前说，“基因组比对、基因组组装、基因组注释和病毒核酸片段的系统分析，是一个高密度的计算过程，使用最新的高性能计算和基因组分析技术是提高分析效率的重要手段。这些设备和技术将加快对新型冠状病毒感染者的快速识别和病毒基因组特性的研究，为新型冠状病毒的精准诊断、治疗和疫情防控提供强有力的支持。”
（科技日报北京3月3日电）
（《科技日报》2020年3月4日第 2 版。）
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