作物气雾栽培除了研发适合的配方外，在化合物的组配上还需进行考究与实验，因为不同的化合物组配，其酸碱平衡性不同，因为大多数化合物都是强酸与强碱的盐类，在水溶液中离解为阴阳离子，因为作物不同，其吸收的选择与嗜好不同，就会导致营养液在栽培过程中PH值的波动变化。如果营养液波动变化超过作物耐受范围就会影响作物生长，导致各种缺素症的产生，如PH值大于7，就会影响P、Fe、Mg、Ca、Mn、Zn等元素的吸收，如果PH值偏酸过低，则H+浓度含量过高会与Ca产生拮抗作用，影响钙的吸收。所以栽培过程中对PH值的管理极为重要，治本的方式是调配出稳定酸碱变化稳定的营养液配方，治标的话就是及时进行PH值的检测与调整。
作物气雾栽培虽然总养液用量少，重配更换养液较为频繁，不太会出现养液PH值波动较大的情况，但对于专业化精准化的生产来说，养液PH值的优化对作物的生长促进及品质改善影响很大，也是有效控制缺素症产生的重要措施。以下为一些作物适合的营养液PH范围供参考。
在生产中酸碱的调整一般采用滴定法确定需添加的酸碱用量，用于添加的酸碱物质有以下几种，如遇PH值偏高则用酸调，有稀磷酸、稀硫酸、硝酸、盐酸等，也可以用较为温和的柠檬酸物质，先用量筒量取养液池中的部份养液，用滴管滴定，并用PH检测仪测定，计算调至目标酸碱度需滴多少滴酸，再以此滴定量为依据计算整池养液需添加的量。如果养液过酸需要调碱，一般选择氢氧化钾与氢氧化钠，采用相同的滴定法确定需要添加的量。对于用于调酸碱用的母液一般浓度为1-3mmol/L，不宜过浓，过浓在添加时易与池中养液反应产生沉淀。在调加酸碱液时需开启养液池循环泵不断搅拌，以防反应沉淀。
在酸碱母液选择时，酸液一般以硝酸及硫酸较多，硝酸可以为养液提供氮元素，硫酸可提供硫元素，磷酸可提供磷元素，盐酸用的较少，因为大多数植物为忌氯植物。但也不宜过频繁的调节，因为硝酸过多也会使蔬果产品硝酸盐含量提高，而硫的需求量不大，频繁调整过高后会出现盐害。对于调碱，一般用氢氧化钾，氢氧化钠的钠离子不是植物所必须，会产生过剩。氢氧化钾的制取可以采用电功能水设备，生产时往溶液中添加0.1-0.4%的氯化钾即可生产出强碱水，可以用于调酸母液。
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