1938年9月29日，英国首相内维尔-张伯伦、法国总理爱德华-达拉第、纳粹德国元首阿道夫-希特勒和意大利国家元首贝尼托-墨索里尼在慕尼黑缔结协议，授权法西斯德国吞并捷克斯洛伐克领土，这就是臭名昭著的“慕尼黑协议”（Münchener Abkommen）。
墨索里尼左手的是意大利外长加莱亚佐·齐亚诺伯爵。后排从左往右分别是：不知名人士（可能为英国外交官）、 法国外交官亨利-弗洛马约，德国外交部长约阿希姆-冯-里宾特洛甫、德国外交部国务秘书弗雷赫尔-恩斯特-冯-魏茨泽克、法国外交官亚历克西斯-莱格（也是诺贝尔文学奖得主）
1939年3月15日德国张贴在布拉格的第一份告示，以德语与捷克语书写，意为：
“全体居民注意。奉元首和德国国防军最高指挥部之命。本人从今日起接管波西米亚省的行政权。布拉格总部，1939年3月15日。第3集团军指挥官，布拉斯科维茨步兵上将。”
此告示的捷克语翻译有许多语法错误，德国人作为一种轻蔑的形式有意而为之。
1938年9月，布拉格居民在城中挖掘防御战壕，背景是布拉格城堡（Pražský hrad）。几天后，纳粹军队开进了捷克斯洛伐克内的德意志族聚集区。希特勒谎称说此次吞并是“我在欧洲提出的最后一个领土诉求”。
1939年3月，纳粹德国侵入了捷克斯洛伐克剩余的领土，3月15日，希特勒在布拉格城堡宣布成立由德国管理的自治领土“波西米亚和摩拉维亚保护国”（ Protektorat Böhmen und Mähren），成为“大德意志帝国”的一部分。
1939年，德军在瓦茨拉夫广场 (Václavské náměstí）阅兵该广场原名马市广场（Koňský trh），在中世纪，此处曾是马匹市场，1848年以波希米亚的主保圣人圣瓦茨拉夫改为现名，是布拉格新城的商业和文化中心。
广场尽头的高大建筑物为国家博物馆（Národní muzeum），由捷克著名新文艺复兴建筑师 约瑟夫·舒尔茨 建于1885 - 1891年。1945年布拉格战役时博物馆受到炸弹轰炸，但藏品已被转移，未受破坏。1947年重新开放。1968年布拉格之春事件时立面严重受损，砂岩石柱遭枪击形成许多弹坑，一些雕像也受到损坏。1970-1972年进行了修复。
1941年布拉格旧城，胸前戴着大卫星的著名尤太裔画家罗伯特·古特曼，同年10月16日，他被送上第一列离开布拉格前往波兰罗兹犹太区的遣送列车，次年3月12日身亡。在整个纳粹统治时期，有超过77000名捷克和摩拉维亚犹太人被杀害
1941年10月，党卫队头子希姆莱在布拉格城堡入口检阅仪仗队，他左边的是波西米亚和保护国总督（Reichsprotektor）莱因哈特·海德里希。历史上波西米亚国王、神圣罗马帝国皇帝、捷克斯洛伐克和捷克共和国总统都曾在此地办公，波西米亚王冠也保存在城堡中的一个密室中。
海德里希走马上任后，也将总部设于此地，据说他曾把王冠试戴在头上;根据传说若篡位者把王冠戴于头上，就注定在一年内死去。1942年5月27日，海德里希上台不到一年，在前往城堡的途中遭到了在英国训练的捷克军人的刺杀--即“类人猿行动”，一周后因伤重不治身亡。
海德里希遇刺身亡后，作为报复，德国人封锁了布拉格附近的利迪策村，处决了173人。剩下大多数妇女和儿童都被送进了集中营。共有340名村民被杀害，包括狗在内的所有动物也悉数杀死，村庄随后被夷为平地。
1939年在布拉格天文钟前阅兵的德军。该钟于1410年安装于布拉格老市政厅，是世界上第三古老的天文钟，为布拉格市内最著名景点之一，在1945年5月的布拉格战役中遭严重损坏，后经修复，是世界上至今仍在运行的最古老的时钟。
1941年布拉格老城广场（Staroměstské náměstí） 上的巨幅希特勒肖像。照片中央的建筑-石钟楼（Dům UKamenného zvonu）在战后被拆除了巴洛克式立面，露出了下面的哥特式石雕。屋顶也进行了彻底改造。
1943年，行进在布拉格城堡后鹅卵石路上的希特勒青年团员们。
1943年，挂满希特勒青年团团旗的布拉格鲁道夫音乐厅（Rudolfinum ），这德国人是为躲避盟军轰炸而被疏散到农村的孩子们举行的告别活动，该音乐厅于1885年2月8日开放，以出席开幕式的奥地利王储鲁道夫为名。1919年至1939年，此地为捷克斯洛伐克议会所在地。今日为捷克爱乐乐团的主演奏厅。
1945年2月14日，布拉格皇家葡萄园区（Královské Vinohrady)遭到美军空袭后的景象。美军这次空袭的目标原本是位于布拉格西北145公里处的德国城市德累斯顿，但导航错误导致轰炸机群向布拉格投掷了152吨炸弹，造成701人死亡。
此次空袭造成大约100栋房屋及历史遗迹损毁，下图中的这栋建筑就是牺牲品之一，后于1996年在原址修建了绰号为“跳舞的房子”（Tančící Dům）的荷兰国民人寿保险公司总部大楼，风格脱颖于新巴洛克、新哥德与新艺术运动的建筑之间，是今日布拉格十分驰名并具代表性的建筑。
1945年5月9日，苏联红军进入布拉格
战争结束后，德意志族人正等待被运出布拉格。根据波茨坦会议的规定，1946年1月25日到当年10月，捷克斯洛伐克境内有大约160万德意志族人被驱逐到后来西德的美占区，80万人被驱逐到苏占区(即后来的东德)，期间过程中有大约15000人死亡，约3400人自杀。
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