实务中常遇到纳税人来电咨询交通补贴要不要缴纳个人所得税及可不可以按照国税发[1999]58号文件第二条规定来缴纳个人所得税的问题。首先，按照《中华人民共和国个人所得税法》及《实施条例》规定，个人的工资薪金所得应依法缴纳个人所得税。工资薪金所得包括个人因任职或者受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。
因此，个人取得单位发放的交通补贴属工资薪金所得范围，应依法缴纳个人所得税。
例1：某公司销售部职工张某2017年8月取得当月工资、薪金收入10000元，当月取得单位发放交通补贴收入2000元，不考虑“三费一金”，计算张某当月收入应缴纳的个人所得税。
张某当月应纳个人所得税=(10000+2000-3500）×20%-555=1145（元）。
其次，根据国税函[2006]245号和国税发[1999]58号文件规定，单位因公务用车制度改革而以现金、报销等形式向职工个人支付的收入，均应视为个人取得公务用车补贴收入，按照“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。具体计算口径如下：
个人因公务用车改革而取得的公务用车收人，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金”所得项目计征个人所得税。按月发放的，并入当月“工资、薪金”所得计征个人所得税；不按月发放的，分解到所属月份并与该月份“工资、薪金”所得合并后计征个人所得税。
公务费用的扣除标准，由省级地方税务局根据纳税人公务交通费用的实际发生情况调查测算，报经省级人民政府批准后确定，并报国家税务总局备案。
公务用车是指由政府财政为各级党政机关及事业单位工作人员执行公务需要所配备的车辆，主要分为各级党政机关及事业单位领导干部固定用车和公务人员公务活动用车两大类。
目前，部分实行公务用车制度改革的国有企业经省级地税局确认后也可按以上口径计算缴纳个人所得税。
以上所列单位以外的单位均不适用国税函[2006]245号和国税发[1999]58号文件之规定。
例2：某省教育局实行公务用车制度改革，向当地主管税务机关做了备案，省级地税局确定的标准为：以现金支付的，每人每月扣除费用不超过1600元；凭票报销的，每人每月扣除费用不超过2000元。凭票报销的费用包括：燃油(燃气)费、保险费(个险、车险)、过路过桥费、停车费、养路费。
（1）以上教育局职工李某2017年8月取得当月工资、薪金收入10000元，当月取得单位发放交通补贴收入2000元（现金补贴），不考虑“三费一金”，计算李某当月收入应缴纳的个人所得税。
李某当月应纳个人所得税=(10000+2000-1600-3500）×20%-555=825（元）。
（2）以上教育局职工王某2017年10月取得当月工资、薪金收入10000元，当月取得单位发放9至10月份的交通补贴收入4000元（现金补贴），不考虑“三费一金”，计算王某应缴纳的个人所得税。（王某2017年9月工资、薪金收入10000元，已按规定缴纳个税）
1）李某应纳当月个人所得税=(10000+2000-1600-3500）×20%-555=825（元）
2）李某应补9月个人所得税=[（10000+2000-1600-3500）×20%-555]-[（10000-3500）×20%-555]=825-745=80（元）。
作者：清凉
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