碧玺的保养是很需要注意的。1到3个月净化一次即便是开光的也需要定时净化。这是有原因的，净化这个词在拉丁语和消磁近似，所以也叫做消磁。其实科学来讲，人的死皮组织会滋生真菌，长期不洗容易得皮肤病进而演化成皮肤癌。现代社会得疥疮的人很多，也是因为有长期不洗可以辟邪增加灵性的错误看法。不管任何晶石、玉石，都是要定期净化，因为晶石的物理性质决定不能随便使用酸性、或者碱性的清洗剂，因此在科学上用御守盐这样中性的清洗剂是正确的和安全的。

碧玺不比其他水晶类饰品消磁和净化，要注意的是不能直接与水接触。因为现在碧玺都有注胶，和水接触后，里面的胶会挥发，这样碧玺原有的瑕疵也就出来了。为什么要这样呢？这样做也是为了增加碧玺的成品率。因此可以用月光照射法消磁，8小时左右。紫晶洞、晶簇、消磁袋（装水晶碎石的袋子）都可以消磁，以上这几个方法都是快速的消磁与净化方法，一般4小时左右就可以了。