由于日本政府始终拒绝接受赔偿的法律责任，因此战争中日军暴行的受害者个人没有得到日本政府的赔偿。根据波茨坦公告，日本政府官方对战争罪行受害者进行赔偿，赔偿的细节写入日本与各个国家的双边协议。但朝鲜除外，因为日本认为韩国政府才是朝鲜半岛唯一的合法政府。在某些国家，比如韩国，政府并没有把赔偿金支付给受害者个人，而是用于国内的民生或者其他项目。因此，大量的亚洲受害者根本没有收到任何赔偿。
日本政府的立场是只与个人受害者的所在国政府进行适当的交涉，因此个人受害者在日本法院的赔偿金起诉全部失败。包括英国战俘试图起诉日本政府提高赔偿金的诉讼也未获成功，但后来英国政府额外支付了一笔赔偿金给每个英国战俘。这在日本国内也引起了一部分抱怨，认为国际媒体只报道战俘要求赔偿金的诉讼失败，而不报道这些战俘之前已经获得了日本政府的赔偿，提起诉讼的目的是为了增加赔偿金。少部分受害者选择在美国法院起诉，结果也失败了。
在与韩国政府的谈判中，日本提议把赔偿金直接交给受害者个人，与赔偿欧美各国战俘一样。但韩国政府坚持赔偿金必须统一交给政府，后来韩国政府用这笔钱来发展经济。谈判的内容在日本是公开的，但在韩国直到2004年才解密。因此，一些受害者开始准备对韩国政府提起个人赔偿金诉讼。
实物赔偿
实物赔偿主要是指将日本的工业设备（主要是军事工业）重新分配给各国。工业设备的拆除和运输在占领日本的盟军监督下进行，这部分赔偿不包括在各国与日本的双边协议中。到1950年，日本赔偿了43918台设备，总共价值1亿6千5百万日元（当时的价格）。分配比例如下：中国，54.1%；荷兰，11.5%；菲律宾，19%；英国，14.5%。
日本代表在旧金山条约上签字
海外资产
日本海外资产是指日本政府、公司、组织及个人在殖民地或者占领国的财产。包括中国大陆、台湾、韩国，1945年统计价值达3千7百多亿日元（253亿美元）。根据旧金山条约第14款，盟军征收了日本所有的海外资产，包括煤矿、工厂、铁路。根据旧金山条约第16款，日本将其政府和个人在交战国或者中立国的海外资产交给红十字会，由红十字会卖掉再把资金分配给战俘。日本政府和个人共支付了450万英镑给红十字会。
国家赔偿
根据旧金山条约第14款，在战争中被侵略和破坏的国家与日本进行谈判，由日本政府赔偿这些国家的损失。菲律宾在1956年收到赔偿，越南（南越政府）在1959年收到赔偿。缅甸和印尼不是最初的签字国，后期才与日本达成双边协议。最后一笔赔偿在1976年7月22日支付给菲律宾。各国赔偿具体金额如下：缅甸720亿日元（2亿美元），菲律宾1980亿日元（5.5亿美元），印尼800亿日元（2.2亿美元），越南144亿日元（3800万美元），总共合计3600多亿日元（10亿美元）。
