钟山书院，位于江苏上元县城(今南京市太平南路白下会堂和白下区职工业余学校一带)。清雍正元年(1723)两江总督查弼纳倡建，选通省士子肄业其中，延师教训，门给廪璈。有大门、讲堂、斋舍等主要建筑百余间，规模较大，世宗御赐“敦崇实学”额。十一年赐帑金千两，定为省城书院，复加修葺。乾隆元年(1736)总督尹维善勒石《白鹿洞规条》和《分年读书法》于讲堂，院长杨绳武定规约10条，强调立志立品，勤学读书，穷经通史，戒抄袭请代和矜夸异毁，为之辩论古文源流和诗赋派别，判明制义得失。四十六年(1781)，总督萨载定书院规条，院长钱大昕定条约，师长由督抚学政延聘，生徒系由道员稽查，州县择选，市政使等再加考验，方准入学肄业。乾隆时院内生徒已达数百人，分内课、外课、附课三类，外籍者有本学学官印文可附试，并拨给驻防八旗子弟名额，附课无额，后无论本省、外省士子均可肄业，规模甚大。每月官师课各一次，逢科举年，一月三次，官一师二，每试扃门，有午饭，肉一方，蔬一盂。课程初以科举诗文为主，乾、嘉、道间主讲者多欲改之。卢文弨两主院事，历时十年，《钟山札记》即其在书院校勘所积，又曾精选少年新生四五人专习古文，不课时文，以图其潜心于经学，未果。钱大昕掌教四年，教士以通经读史为先，《廿二史考异》即在此写成。姚鼐自乾隆五十五年(1790)起先后掌教主讲二十年，嘉庆二十年(1815)老死于钟山，以古文义法教生徒，门弟子知名者甚众。其后朱珔每月立小课以经解诗赋试士，胡培翠倡导实学，唐鉴倡程朱之学，风格各异，然成就皆卓。道光九年(1829)布政使贺长龄筹款新建院中斋舍，为书院课艺集作序，勉励诸生“毋以文视文，而反之于心，必求其有得”，出所编《皇朝经世文编》以教士。咸丰间曾国藩借地重开，“堂庑斋舍之制十不逮一”。光绪七年(1881)总督刘坤一“乃规旧址廓而新之”，清末改为江南高等学堂。同光间主讲著闻者还有李联琇、梁鼎芬、缪荃荪等。
钟山书院藏书丰富，创办之初就有藏书，当时督宪颁给《易经》、《春秋》、《册府元龟》等书籍31种119套。后来乾隆皇帝游江南时，又赐钟山书院武英殿刻印本《十三经》、《二十二史》各一部。除御赐外，公卿大夫、以方官吏也时有赠书。钟山书院藏书的保管与流通有章法。据《钟山书院志》记载：存书的杉木大书橱“安顿内厅堂上，每乘书橱大锁一把，钥匙交副掌教收执。如岁暮及新年时节，副掌教归任，将钥匙送江宁府谨收，不许疏失。平时院内师生要看，须另册注明，以免遗散。”严格的管理，使藏书得以长期保存。钟山书院历任山长有杨绳武、夏之容、卢文弨、钱大昕、姚鼐、胡培翚、陶澍、唐鉴、李联琇、梁鼎芬、缪荃孙等，他们大多为学者型藏书家，对书院藏书有独到贡献，书院藏书也成为他们著书立说的便利条件。如校勘学家、藏书家卢文弨，两度任钟山书院山长，他的《钟山札记》就是在主讲钟山书院时校甚群经所成。后继山长钱大昕是考据学家、藏书家，他的《廿二史考异》，也是利用钟山书院藏书和私人藏书才得以完成。
清雍正元年（1723年），两江总督查弼纳考虑到“江南文风极盛，士子贫寒，膏火不给，无以专心学业”上书皇帝请求在省城建立书院，得到雍正批准，在省府江宁创建了钟山书院，并获得了雍正御批“敦崇实学”的匾额。道光九年（1829年），江苏布政使贺长龄筹款增修。咸丰三年（1853年）因太平天国兵燹被废。同治四年（1865年）两江总督曾国藩加以重建。光绪七年（1881年）两江总督刘坤一扩修了书院。光绪二十九年（1903年），钟山书院被改为江南高等学堂。
海内四书院之冠
江宁（南京的旧称之一）钟山书院延续了近200年，是清代规模最大、影响最为深远的省会书院之一，乃至晚清安徽巡抚冯煦都情不自禁地感叹道：“江宁钟山书院……魁然为海内四书院之冠。”究其根柢，除了建筑规模宏大及后文所论学术影响等因素之外，还有以下主要原因。
朝廷重视。钟山书院是省会书院，却一直为朝廷所关注。清初朝廷对书院加强抑制，钟山书院能够被雍正批准建立，而且是雍正王朝在江宁府唯一批准的书院，实属不易，也可见其重要地位。并且钟山书院的山长（清乾隆之后统一改称为院长）由地方主官推荐，一般需要经过朝廷的批准方能任命，也不难看出朝廷对钟山书院的把控。尤其值得注意的是，乾隆六次南巡，都是在钟山书院举行江南省的召试，这在当时没有任何书院能有此荣耀，可见钟山书院的地位与影响。
经费丰裕。钟山书院办学经费来源途径多元，首先它有朝廷御赐帑金，这也是其他省会书院难以企及的，如创院之初，雍正就御赐帑金一千两，还有地方官府办公经费支持，另有地方官绅捐赠所得，甚至还可以将入官充公银两改为书院运营经费，如嘉庆二十五年（1820年），两江总督孙玉庭就将官员刘澐的当铺没收充公，然后划拨为书院的运作经费。如此充足的经费为钟山书院人员尤其是院长的聘请、生徒膏火及其他活动的开展提供了强有力的保障。
院长优异。钟山书院对院长的选拔是高标准的，书院力求“采访有文望品望，年高而精明强固、足以诲人者为之，不拘爵秩，不拘本省、外省”，因江宁的特殊地位及书院的优厚待遇，确实吸引了不少通才俊彦执掌书院，钱大昕、梁鼎芬、缪荃孙等都为一时之名士。尤其是杨绳武、姚鼐、李联琇等人担任院长均在10年之上，院长较长时间的工作有利于保持书院的教育理念，提高人才培养的效果。
生徒广泛。钟山书院虽然是省会书院，但所接受的生徒在省籍上并不限于本省，除了江苏、安徽之外，还有浙江、山东、江西、河南，甚至还有来自直隶的。而在个人的身份上，除了来自府、州、县学的生徒外，还有举人、监生、贡士，甚至还有县学教谕等。生徒来源的多元性既增大了书院招生的规模，促进了人才培养的多样性，又扩大了书院对外的影响力。
人才辈出。钟山书院培养了一批在政界、学界声名远扬的人才，如钱大昕就是乾隆在钟山书院召试中脱颖而出的，而孙星衍、邓廷桢、戴祖启等一批政界、学界名人均在书院接受过良好的教育。这些人才走向社会后反过来又提高了钟山书院的声誉，使钟山书院海内皆知。
清代江南学术重镇
钟山书院创院伊始，在完成教书育人功能的同时，学术的交流与研究也积极开展，尤其是院长的很多学术成果往往是其在执掌书院的工作期间完成的，一定程度上反映了清代学术的推衍与演变，钟山书院由此成为江南学术重镇。
钟山书院的首任院长宋衡追崇程朱理学，作《孝悌讲义》《忠恕讲义》，将理学思想渗透到日常教学之中。这一理念在后任院长杨绳武、夏之蓉等任上继续强化，如杨绳武制定《钟山书院规约》，明确提出了“先励志”“务立品”“慎交游”“勤学业”“穷经学”等具有浓厚理学色彩的教学理念，并得到了官方支持，乾隆年间两江总督德沛亲自在书院推广传播理学，著有《钟山书院讲学录》。乾嘉之时，学术已由以义理为要义的宋学向以考据为代表的汉学转变，钟山书院的学术风气随之也有所变化，反映了这一转向。乾隆三十四年（1769年），顾镇担任书院院长，为了提升汉学之地位，亲自作《虞东学诗》十二卷，在教学时力求调衡汉宋之学。到卢文弨担任院长期间，他更加重视汉学，“欲以《说文》救其失”“每课必卷卷而评校之”，使汉学大盛。卢文弨是校雠学大家，他在钟山书院工作期间，校书75种次，占到了其一生校书的五分之二，卢文弨在钟山书院的工作推动了其学术成果的大量产出。而钱大昕史学研究的代表性著作《廿二史考异》，也是钱氏担任书院院长期间最终完成的，该书与同时代王鸣盛的《十七史商榷》、赵翼的《廿二史札记》并称为清代三大考据史学名著。同时，钱大昕还培养了孙星衍、谈泰等一批汉学学者。嘉庆二十年（1815年），孙星衍在姚鼐之后继任院长，沉心于考据之学，有《尚书今古文注疏》等传世。钟山书院俨然成为乾嘉汉学的重要阵地之一。到了晚清时期，随着社会的变革和中西文化的碰撞与交融，钟山书院学术风向也相应有所改变。道光年间，胡培翚在担任钟山书院院长期间，主张不惑于科举，要“于天文、地舆、河工、水利、积贮、教化、武备、刑法、治世诸大政，无不讲明切究、熟悉于中”，不难看出，此时钟山书院的学术研究已转向以经世致用为旨归。
与教学、学术活动有重要关联的是，钟山书院藏书丰富，且版本精良。藏书有御赐的书籍，如乾隆十六年（1751年），朝廷赐予书院武英殿新刊《十三经》《二十二史》各一部，两年后又赐予《钦定重刻淳化阁帖》一部。也有官府为之购置的大量书籍，如书院创立之初，两江总督查弼纳就为书院购买了《十三经注疏》《册府元龟》《事文类聚》等大型图书在内的书籍31种。另外，钟山书院的一些院长如卢文弨、孙星衍、缪荃孙等本身就是著名的校勘学家、藏书家，一定程度上也能保障所藏书籍的质量。同时，钟山书院刊刻了一些重要文献，如雍正年间椠刻汤椿年编纂的《钟山书院志》，对钟山书院起到了很好的宣传效果。而《钟山课艺杂体诗》《钟山书院乙未课艺》等课艺类著述的刊刻，对教学质量的保证和学术研究的推进都发挥了重要的辅助作用。
概而言之，钟山书院在学术研究上既关涉理学，又关涉经学，既关注史学，又关注古文，一批学术名家活跃其中，充足的藏书和精良的院刻本为学术的开展提供了牢固的文献基础，钟山书院学术成果丰富，洵为江南学术的重镇。
桐城派发扬光大之地
在钟山书院的发展史上，还需要特别注意的是，书院对桐城派的最后定型与发扬光大起到了不可替代的作用。桐城派是清代文坛影响最大最为深远的散文流派，思想上追崇程朱理学。其命名虽然与安徽桐城直接相关，然而其真正产生全国性影响的却是这些出生在桐城的文人在外的积极活动所致。其实钟山书院中有不少文人与桐城派之间有着千丝万缕的联系，如乾隆三十一年（1766年）起担任钟山书院院长的叶酉就出生在安徽桐城，师从桐城派鼻祖方苞。“桐城三祖”之一的姚鼐实际上是桐城派的集大成者，桐城派在他手中定型，并发展为全国性的文派。这一切成就的取得与姚鼐在钟山书院的活动有着直接的关联。首先，姚鼐在钟山书院有两次担任院长的经历，前后合计有22年之多，并最终病卒于书院院长的任上，他是钟山书院历任院长中执掌书院最长的一位，姚鼐在书院的工作时间超长、教学与研究工作相对稳定，就能够专注投入，非常有利于姚鼐在生徒中传播或渗透桐城派的文章理念。应当说，姚鼐的“义理”“考据”“辞章”等文论最终是在钟山书院完成的。其次，钟山书院在生徒选择上要求严格，使得大量富有潜力的优秀人才进入书院学习，这为姚鼐培养一批桐城派的中坚力量做了很好的人才储备。事实上效果也确实明显，如姚鼐在钟山书院培养了管同、梅曾亮、方东树、姚莹等著名的“姚门四杰”，另有刘开、李兆洛、马宗琏等人都是姚鼐在钟山书院培养的优秀弟子，他们以后在政界或学界颇有声望，反过来也扩大了桐城派在全国的影响。还有一批人员如姚椿、陈用光、鲍桂星等，虽然不能获得在钟山书院正式毕业的资格，但他们仰慕姚鼐，在书院伴随姚鼐左右，成为姚门的私淑弟子，同样成为传播桐城派的重要力量。最后，姚鼐在钟山书院还刊刻了《三传补注》《国语补注》《九经说》《惜抱轩文集》等一批关涉桐城派文论或创作的书籍，这有助于树立桐城派理论的大旗，也为桐城派的文章写作提供了学习的模板或对象，有利于桐城派的稳定、发展与壮大。
由此可见，钟山书院对江南文风的变化乃至桐城派文人群体的形成功不可没，尤其是姚鼐作为桐城派集大成者地位的确立，显然是离不开他在钟山书院的活动。
光绪二十九年（1903年），钟山书院完成了传统书院的使命，被改造为江南高等学堂，书院最后一任院长缪荃孙担任了学堂的首任监督，访聘教员，“皆取淹通笃实之士，讲求教授管理之法，实事求是，力戒袭取皮毛陋习”，培养出著名的语言学家赵元任、物理学家张贻惠、中国科学院院士周仁等杰出人才，书院向新式的大学教育发展。
乾嘉时期，钟山书院被誉为“海内四书院之冠”，成为清代书院中的佼佼者。晚清以降，钟山书院异动、变迁不断，进入了波折起伏的变革阶段。学界目前对晚清钟山书院的运作实态与变革历程并不十分清楚，甚至存在着误解。本文力图研究晚清钟山书院的选址、运作实态、学术流变以及改为学堂的过程，并用一所书院运作、变革的典型个案来揭示晚清传统书院转型的复杂性，以期深化书院史研究。
一
晚清钟山书院的选址问题
咸丰三年（1853），太平天国大军攻占江宁，钟山书院被毁。同治三年（1864），清军克复江宁后，曾国藩等人即着手恢复钟山书院。曾国藩并未选择在原址重建，而是将门东旧漕坊苑街东花园（今南京白鹭洲公园一带）作为书院新址。其地位于江宁城东南一隅，在回光寺故址之南。当年冬季，重建工程便已展开。同治四年（1865）二月，钟山书院重建工程告竣，规制略备。此后，地方当局对书院又进行了多次修建。
值得注意的是，曾国藩在书院地址问题上的选择存在严重缺陷，并为以后的争论埋下了伏笔。新址主要有两点缺陷。其一，钟山书院新址“即民屋兴建”，占用了民间产业，与原址利用官地不同。其二，书院新址“偏于一隅，不似旧地居城之中”，不如原址具有“平衍开阔，阳宅吉利”之势。
因此，钟山书院的选址在当时颇受诟病。前述两点书院选址弊病，收录在光绪《续纂江宁府志》中。该志刊于光绪六年（1880），由蒋启勋、赵佑宸主修，领衔鉴定为时任两江总督刘坤一。实际上，正是在刘坤一的授意下，方志的纂修者才公然将书院选址弊端载诸史册。不久，围绕此事所发生的上奏事件，也可证明这一点。
光绪七年（1881）八月二十日，刘坤一就筹款重建钟山书院之事奏明皇帝。他在奏折中痛斥钟山书院现址的弊端，并将书院回迁原址情况以及经费问题逐一汇报。这份奏折极为重要，兹录其主要内容于下：
同治三年，光复江宁后，经前督臣曾国藩、沈葆桢等先后延聘前大理寺卿李联琇、前山西布政使林寿图递主讲席，诸生相从请业，观感有资，咸知蒸蒸向学，而书院旧址毁于兵火。前因经作数椽为掌教安砚之地，湫隘嚣尘，厕沟幄于阛闚，致诸生无所栖托，其有自远负笈而至者辄庆然而返，阻其从师之心。至旧时弦诵之场，则岁月骎骎，鞠为茂草矣。伏念书院之设，就徒校艺考文之谓，其谓亲师取友，敬业栾群，端士习以厚民风，胥源于是。而钟山书院无论本籍外省士子，均得肄业，规模较大，故高才生亦最多。江宁递年以来，凡衙署、庙祀以次修建，独于养士储才之地未一议及，士心缺然。兴废举坠，发斯土者之责也。国家右文劝学，嘉惠儒林，修学校以佐圣治之隆，尤为之不容已者也。谨饬司就城内书院旧址，披荆棘，辟瓦砾，参酌图志，饬工庀材，一切规制以坚朴为度，凡得房屋一百间有奇，讲堂、学舍、廊庑、庖湢之屋无弗备。撙节估计共需款一万五千两，由宁藩司、淮运司、江粮道三者匀拨以济要工。
对于刘坤一的奏折，清廷表示认可。刘坤一取得清廷支持后，消除了反对势力的干扰，积极开展书院回迁工程。当年年底，钟山书院顺利回迁至城内原址。
二
晚清钟山书院的运作实态
清中期以后，江宁府书院经费主要来自后湖之租、典商生息、淮盐引捐。同治以后，玄武湖租税收入日减，典息因战乱而荡然无存，盐商也希望减少引捐，书院经费惟有取之于善后局。
光绪初年，善后局财政逐渐陷入困境，可动支书院经费日益减少。江宁布政使孙衣言等人曾积极谋划，筹措书院专款。至光绪五年（1879），书院专款最终被确定下来：
在籍绅士石楷遵即会议，在于仪栈北盐余利款内岁提银六千两，又于两淮运库收存善后一成项下，按年拨解银三千两。由江藩司主稿，会详总督沈批准立案，统计岁需银九千两。又师课增给、减半膏火，系自光绪五年二月分起，奉沈公札饬海分司于淮北经费项下按季拨解银五百两，作为定额。以上各款，俱解江宁府收支。
总计各项经费，书院专款每年达11000两。其中，钟山书院各项经费如下：
山长束脩八百两、火食一百六十两、节敬二十四两。
课额：超等五十名，每名二两六钱；特等七十名，每名一两三钱。
初二日膏火：每月二百二十一两，通年计十一课，共银二千四百三十一两，逢闰加一课。
又十六日减半膏火：计十课，共银一千一百零五两。十二月无师课，逢闰加一课。
恩课：十名，每名二两六钱，计十一课，共银二百八十六两。
统计各项，钟山书院每年得到书院专款内4806两，逢闰之年5137.5两。其经费占书院专款的43.7%，闰年更是高达46.7%。
钟山书院山长待遇优厚，每年可得白银984两，为江宁府各书院之首。实际上，其山长所得薪水远远超过这一数字。例如，晚清时期，钟山书院与尊经书院山长除负责本书院诸项事宜外，还兼阅惜阴书院课艺，由此每年可得束脩200两。
在政策具体运作中，钟山书院所获实际经费大体上与规定相吻合。光绪十二年（1886）七月，两江总督、管理两淮盐政曾国荃奏报了光绪十一年上半年的各项收入，并开列财政支出各款。其中，解送钟山书院的钱款为“奏明动拨盐课银四千九百八十一两四钱一分七厘”。由此可知，六年前书院专款内关于钟山书院经费的规定基本上得到了落实。
钟山书院的考课，分为师课、官课。师课由院长主持，一般每月2次。官课则由两江总督、江宁布政使等官员主持。清中期以前，钟山书院官课较为认真，效果也较好。晚清以降，官场日益腐化，官课渐趋流于形式。这种情况当时即被有识之士察觉，以至于成了撰写小说的素材。
晚清钟山书院的祭祀也有变化。光绪五年（1879），在书院门东新址建有享堂，其中的祭祀对象大体上可分为两类：名宦，如两江总督查弼纳、德沛、尹继善、曾国藩，巡道方昂等；院长，如杨绳武、卢文、钱大昕、夏之蓉、姚鼐、胡培翚、秦承业、朱、程恩泽、任泰、唐鉴、李联琇等。从祭祀对象看，钟山书院增加了一代名臣曾国藩、著名文人李联琇等人，具有鲜明的晚清色彩。书院享堂建成之时，汪士铎作《钟山书院享堂告文》，其中谈及：“惟诸先生因材而笃，皆身教言教之有方，而五六公论说未泯，悉经师人师之兼备。”选择入祀对象需要考虑多种情况，但原则上入祀之人须对书院发展作出过重要贡献。
晚清时期，钟山书院祭祀活动兴盛，并有一套固定的仪式。陈作霖曾作《钟山书院享堂秋祭礼成志感二首》，生动地叙述了书院的秋祭活动：
清秋天气肃，冠履集从容。弟子尊都讲，群贤祀瞽宗。文昌瞻有象，山气郁成龙。乐育思遗泽，云车傥可从。
诵弦群聚处，笾豆肃陈时。醵食遵周礼，圜观习汉仪。龙门曾获接，马齿自惭衰。今日心香爇，依然侍绛帷。
祭祀活动结束后，院长往往将供品分与众人，或赠送友朋，共享盛礼。梁鼎芬任院长时，曾在祭祀仪式结束后将祭肉赠送给林旭享用。林旭十分感动，且以此为豪，作《节庵送钟山书院祭肉赋谢》：“无由陪祭从门生，逮贱分尝感盛情。一一斯文斯道寄，有神尚冀锡聪明。”
太平天国攻占江宁之际，不仅书院被毁，其藏书也被付之一炬。钟山书院重建后，经过当局不断努力，各项制度渐趋规复，唯独藏书仍有待充实。光绪二十年（1894），张之洞署理两江总督，聘请梁鼎芬担任院长。在张之洞、梁鼎芬的主持下，书院的藏书制度得以完善，藏书数量大大增加。其书籍来源主要有二：第一，不惜重金，广泛采购；第二，不分省内、省外，极力征集官书，“近取本省之所有，远征邻境之新刊”。雍正、乾隆两朝是钟山书院藏书制度形成的关键期，当时藏书的来源主要是御赐书籍、官府置备，与此时明显不同。晚清钟山书院藏书的具体数量已不可考，但必颇具规模。对此，陈作霖曾自信地说：“从兹踞虎蟠龙，瞻蒋家山之佳气，行见腾蛟起凤，步天一阁之后尘云尔！”
钟山书院不仅藏书，而且珍藏碑刻，如著名的《颜鲁公放生池碑》即收藏于书院之中。该碑为断碑，当时在东花园一带，于同治三年（1864）书院重建后被移至院中。陈作霖《颜鲁公放生池断碑歌》载：“古碑半段卧草中，谁与撰者颜鲁公……好古舁置讲堂下，令人却忆璜溪风。”
晚清时期，钟山书院刻书事业较为兴盛。光绪年间，梁鼎芬编制的《钟山书院乙未课艺》，即在书院内付梓刊刻。至清末，钟山书院的译书、刻书事业达到鼎盛。光绪二十七年（1901），两江总督刘坤一、湖广总督张之洞会奏设立江楚编译官书局，以便服务于新式学堂教育，书局即设于钟山书院内。江楚书局在江宁正式成立后，兼并了江南书局和设立于扬州的淮南书局。江楚书局主要刊刻出版学堂章程、教学用书以及地方史志，共刊书70余种，影响较大。
三
“汉宋之异同渐息，而中西之派别又歧”
——晚清钟山书院的学术流变
经过儒学内部的自我调和，汉宋之争渐息，经世思潮日起。至晚清时期，内外形势突变，儒学面临着前所未有的考验。经过一段时间的磨合，中学为体、西学为用成为被公认的准则。然而，内外局势日益纷繁复杂，各种势力风云际会，使这一准则的公信力渐趋下降。维新、革命思潮风起云涌，中西学术、文化的碰撞与交融更加深化。
道光年间，胡培翚担任钟山书院院长，以经世致用为职志。道光十二年（1832），乡试之期临近，书院生徒向其请教，以便在科场中大展身手。胡培翚和诸生进行了一番长谈，这次谈话在胡氏所作《钟山书院课艺序》中保留了部分情节。胡培翚告诉诸生不要为科举风气之说所惑，若想折桂，做学问时必须“本之经传注疏、宋儒理学之书，参之子史百家之说，以究其理，以赡其辞。熟读汉唐宋古文以充其气，熟读前辈时艺之佳者以习其法程。其平居则博观载籍，汲汲皇皇，若唯恐不得乎圣贤立言之指，而其于天文、地舆、河工、水利、积贮、教化、武备、刑法、治世诸大政，无不讲明切究、熟悉于中”。如此一来，在考试时才能直抒胸臆，取得优异成绩。他进一步说，只有这样，考中之后才能“以其学之所得为世用，亦必有裨于国家”。其最终目的还是希望诸生读“有用之书”，攻“有用之学”。胡培翚的方法似乎略具成效，他也不无自豪地说：“诸生颇有说余言者。”
孙锵鸣担任院长时，经世致用之学与西学共同成为钟山书院学术的重要组成部分。光绪十二年（1886），孙锵鸣应刘坤一之邀主讲钟山书院。他在教学方法上注重“因质施术，不强一途”。尤其重要的是，他在教学内容上不仅强调经世致用之学，还增加了西学成分。孙锵鸣“仰承黄、万，旁及颜、李，不袭理学之陈言，不蹈训诂之剿说。至其为教，并及西书。而种痘、缠足之积习，遍喻闾阎，风俗为之小变”。
清末危机愈加严重，钟山书院师生日益关心时政。光绪二十一年（1895），梁鼎芬刊刻了《钟山书院乙未课艺》，收录了21篇较为优秀的生徒课卷。其中不乏讽议朝政之作，杨丙福所作《钟山书院藏书记》也收录于其中。该文梳理了钟山书院的学术史，并对当时西学带来的巨大冲击表示担忧：
窃尝推究夫士气之振靡与其学力之深浅，亦视夫师道之纯驳以为进退。是故师卢抱经，钟山于是有经学；师钱潜研，钟山于是有史学；师姚姬传，钟山于是有古文之学；师唐恪慎，钟山于是有性理之学。山川奇秀，水石清驶，故其人能变化，造就较西北为捷。然自杨大堉、梅曾亮、朱绪曾、汪士铎后，亦稍陵夷矣。况于今学者，肤陋于科举，饤饾于类书，汨没锢蔽于近代之训诂考据。而耶稣天主之教邪词诐说，又为光气化重之学，新奇可喜，以眩惑少年新进之耳目。盖汉宋之异同渐息，而中西之派别又歧。
在时局日坏之下，钟山书院一些士子也发奋图强，眼界日益开阔，学术思维也与时俱进。如光绪二十七年（1901），《南洋七日报》曾刊载了一篇钟山书院课卷——《论舆图善本》，该文为书院生徒李振铎所作，在当时较有影响。李振铎在文中纵论古今中外舆图制法及其优劣，颇具己见。尤为难得的是，他对当时各国最新绘制的地图皆有了解，并予以比较。此外，李振铎还指出：“考舆图孝（者），必以今图为主，古图备考。一形势，一险要，一道路，一运道，一海陆边防，一通商口岸，此中国之舆图宜详也。若地球全形，外洋各国，亦必知其大略，所重在英、俄、法、德、美、日六国。非罗列诸国，无由正其谬误；非合群考求，无由辨其是非。此蒙所以深望学堂之早设、学会之多立也。”身为书院生徒的李振铎甚至希望早设学堂、多立学会，可见当时书院士子的学术视野与社会抱负之开阔。
清末内外危机交迫，中西文化激烈碰撞。时势发展过于剧烈、迅猛，书院学术更新的程度也渐渐加深。最终，书院这种存在了1000余年的文化教育组织不得不革新其自身，才能适应学术发展，并迎合文化冲突和政治形势。在此情况下，钟山书院也走到了历史的尽头。
四
清末教育改革与钟山书院变革的波折过程
晚清以降，社会改革此起彼伏，文化教育机构也在发生着流变。江南水师学堂、江宁储才学堂、江宁陆师学堂等新式学堂在江宁出现，冲击了传统书院教育，但也促进了书院的流变与改革。汇文书院、益智书院等教会书院也在江宁诞生，并不断壮大，对传统书院的变革影响颇巨。无论管理制度，还是教学内容，不少书院均发生了变化。19世纪末20世纪初，书院改革进入高潮，多数书院被改为学堂，新型教育体制开始确立。
光绪二十四年（1898），戊戌变法正式开始，改革教育体系是其中一项重要内容。为了配合京师大学堂的开办，光绪帝曾要求各地督抚“将各省府厅州县现有之大小书院，一律改为兼习中学、西学之学校”。这次教育改革明显是仿照日本学制进行的，“大学、中学之介，有高等。京师置大学，比古辟雍。府为中学，视郡庠。直省则立高等，隶大府”。
不少地方由此开展了改书院为学堂的行动，江宁也在此列。当年七月，据两江总督刘坤一奏报，江苏、安徽两省各设中、小学堂，并将江苏省城钟山、尊经、惜阴、文正、凤池、奎光6所书院改为府县各学堂。
戊戌变法失败，书院改制暂告结束，不少书院改成的学堂又重新改为书院。而刘坤一则提倡书院与学堂并行不废，以成兼收并蓄之效。他为此专门具折陈言：“自同治以来，内外所设同文馆、广方言馆，皆系学堂。嗣于沿海各省设立武备学堂、陆军学堂、北师学堂，历时已久，用款颇多，业有成规成效，又何可以尽废！夫书院与学堂，诚如懿旨，名异实同。然书院肄业士子自应讲习天文、地舆以及兵法、算法，未可专尚训诂词章。”[22]尽管刘坤一对书院改学堂的态度有所改变，但他也要求改革书院既有教学模式，提倡书院、学堂并存，其主张明显带有与中央妥协的色彩。原来改为学堂的钟山书院，此时也恢复书院办学。
书院改制并未由此终止，清末的内外环境使其成为大势所趋。光绪二十七年（1901），清廷正式颁布书院改制的谕旨，要求“将各省所有书院，于省城均改设大学堂，各府、厅、直隶州均设中学堂，各州、县均设小学堂，并多设蒙养学堂。其教法当以四书五经、纲常大义为主，以历代史鉴及中外政治艺学为辅”。这次书院改制较为彻底，已非戊戌变法时期可比。
光绪二十八年（1902），包括钟山书院在内的江宁府各书院基本上都已转型。刘坤一曾对此作过详细奏报：“兹将江南文正书院改设小学堂一所，聘候选教谕陈作霖为总教习，课上元、江宁两县人士，习初级浅近之学。钟山书院改设中学堂一所，聘河南候补道濮文暹为总教习，课江宁府属人士，习普通之学，故就原址酌量增葺。至高等学堂，为课专门之学。江南地大物博，夙称人文渊薮，省会高等学堂，规模必求宏敞，俾可广育人才。现在设法筹款，择地建造……聘翰林院编修缪荃孙为总教习。其尊经、凤池两书院，改为校士馆。”
刘坤一对各学堂的学额及递升之法，也作了详细的规定：“上元、江宁两县小学堂额收各八十人，附课十八人，以少年聪颖、文理清通之士充之。江宁府中学堂额取一百六十人，附课十人，本应以小学毕业生拔补，现中小学同时并举，权且考取经义策论及曾习西文、算学、格致之举贡生监，送入肄业，以后仍以年限递升。省城高等学堂额定三百人，本应俟各中学有毕业学生拔尤补入，惟当此需材孔亟之时，若俟辗转递升，未免旷日持久，自应变通办理。亦拟俟高等学堂规模粗定后，于举贡生监中考取，以深通中学经义策论及习过西方算术格致之有门径者，先令补习普通，再习专门，以期速成。以上三学堂，各照定额，于开办时先取一半，数年后再行全取。”其他如学堂经费及各种配套设施，也多有规划。正是这些具体政策的实施，为书院改制奠定了基础。
必须提及的是，刘坤一将钟山书院改为中学堂，“课江宁府属人士，习普通之学”。他的这个方案不仅未遵守谕旨“将各省所有书院，于省城均改设大学堂”的规定，且与钟山书院的影响力甚不相符。而问题的关键在于，新建高等学堂需要详细筹划，包括书院规模、选址、筹款等等，总之人力、物力、财力皆要具备，且耗时费力。因此，放弃相对符合要求的钟山书院，另建省城高等学堂，这一举措在当时颇受诟病。
刘坤一在当年九月去世，其设计的书院改学堂方案也被搁置。张之洞署理两江总督，对刘坤一的方案进行了调整，放弃了将钟山书院改为中学堂、另建省城高等学堂的计划，并对府县学堂重新进行规划。十月，文正书院改为府学堂，惜阴书院改为县学堂。光绪二十九年（1903）四月，钟山书院改为高等学堂，是为江南高等学堂。江南高等学堂“肇基于癸卯，辍讲于辛亥”，前后历时9年。缪荃孙出任江南高等学堂首任监督，“兼领中、小学堂”。
当时清朝学制仿照日本进行改革，教育方法和内容也多有借鉴日本之处，江南高等学堂是其典型代表。缪荃孙亲赴日本考察学务，回国以后在江南高等学堂“酌定课程，编辑课本，一切草创，中西之学兼重。访聘教员，皆取淹通笃实之士，讲求教授管理之法，实事求是，力戒袭取皮毛陋习”。江南高等学堂办学较有成效，其第一届毕业生中“颇有明达通才、后膺政治教育之选者”。缪荃孙也因此名声大起，饱受嘉奖，被朝廷授予“四品卿衔”。
经过清末改革，以钟山书院为首的江宁府书院教育体系彻底瓦解，书院教育格局完全被学堂体系所取代。
综观晚清钟山书院的变革历程，可谓一波三折。这不仅说明了钟山书院的影响力强劲，还反映出传统书院转型之复杂与艰难。传统书院的文化根基十分牢固，在应对各方面冲击过程中展现出了顽强的生命力。但在社会急剧变革期，面对政治改革和社会革命大潮的冲击，传统文化教育组织、制度到底被弃若敝屣，或以艰难转型。
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