宣和四年(1122年)以宁江人洪伯通，出海遇风，号神获庇，平安还家，遂"高大其像"筑一坛于庙西奉之。次年，朝廷派正使路允迪出使高丽国(今朝鲜)，雇用福建商船，宁江的船只被征集参加，洋尾人李振和乡亲们非常信仰妈祖，这次出国途中，船遇风险，路允迪号天求救，忽见到一女神舞于桅竿上，即风平浪息。
路允迪询问舟中人这是何神?李振告诉说是圣墩之神，护航素极灵验。路回朝覆旨奏知此事，徽宗皇帝颁赐"顺济"庙额给圣墩庙。这是妈祖首次受到朝廷的褒奖，此后，商船和群众对妈祖的信仰更强烈了。
李振的堂兄弟李富，于南宋高宗建炎初年(1127~?年)率义兵乘海船赴长江前线抵抗金兵，海上遇到风浪，获神救助安济，回乡后于白塘的浮屿上创建了一座妈祖庙，又于绍兴十九年(1149年)扩建圣墩庙，成为前后二进，移原祀西侧的妈祖像于正中，把原祀于中的王者像移于左，原祀于左的白面郎像移于右。
元代成宗大德三年(1299年)李富的后人李茹倡修，并于前殿、后殿的中间新建一座蕃厘殿。这一座昭著数百年，名闻四方的圣墩庙，至元末兴化的兵乱中毁废，旧址到现在还没有查明出来，只在古籍文献上存有一篇宋寥鹏飞《圣墩祖庙重建顺济庙记》;另一篇元黄渊《圣墩顺济祖庙新建蕃厘殿记》和一首元诗人洪希文《题圣墩妃宫》七言古诗。
宫庙主祀神是天上圣母，系宋绍兴二十八年从湄洲祖庙分灵。宫内宫内共有妈祖神像4尊，其中一尊为宋代木雕，现暂存于东山妈祖行宫，其余2尊为2000年雕塑。
主要配祀神有:观音菩萨、晏公、亚公、白兰英公主。
宋·廖鹏飞
里有社，通天下祀之，闽人尤崇。恢闳祠宇，严饰像貌，岿然南面，取肖王侯。夫岂过为僭越以示美观?盖神有德于民，有功于国，蒙被爵号，非是无以彰其威灵也。郡城东宁海之旁，山川环秀，为一方胜景，而圣墩祠在焉。墩上之神，有尊而严者曰王，有皙而少者曰郎，不知始自何代;独为女神人壮者尤灵，世传通天神女也。姓林氏，湄洲屿人。初，以巫祝为事，能预知人祸福;既殁，众为立庙于本屿。圣墩去屿几百里，元佑丙寅岁，墩上常有光气夜现，乡人莫知为何祥。有渔者就视，乃枯槎，置其家，翌日自还故处。当夕遍梦墩旁之民曰:"我湄洲神女，其枯槎实所凭，宜馆我于墩上。"父老异之，因为立庙，号曰圣墩。岁水旱则祷之，疠疫祟则祷之，海寇盘亘则祷之，其应如响。故商舶尤借以指南，得吉卜而济，虽怒涛汹涌，舟亦无恙。宁江人洪伯通，尝泛舟以行，中途遇风，舟几覆没，伯通号呼祝之，言未脱口而风息。既还其家，高大其像，则筑一灵于旧庙西以妥之。宣和壬寅岁也。越明年癸卯，给事中路允迪使高丽，道东海，值风浪震荡，舳舻相冲者八，而覆溺者七，独公所乘舟，有女神登樯竿，为旋舞状，俄获安济。因诘于众，时同事者保义郎李振，素奉圣墩之神，具道其详。还奏诸朝，诏以'顺济'为庙额。呜呼!女郎庙之灵，古虽有之，不过巫山为云，洛浦凌波，曹峨抱尸浮江，帝女街木填海，独立石当时，血食千载，要其德被于民，功及于国，蔑如也。今神居其邦，功德显在人耳目，而祠宫编迫，画像形暗，人心安在乎?承信郎李富，居常好善，首建其义，捐钱七万，移前而后增，卑而成功于中秋，遗年月告毕。正殿中修廊冀，严祀有堂，齐疙有庐，聋刘削之工，苍黄奎之饰，凡斯庙之器用，殆无遗功。李侯以鹅飞久游门下，遂命记之，义不容辞。切闻射的山有仙人遗箭一只，郑巨君尝采与举屿俯里有社，通天下祀之，阂人尤崇。恢阂祠宇，严饰貌像，魄然南面，取肖王侯。夫岂过为借越以示美观?盖神有德于民，有功于国，蒙被踌号，非无以彰其威灵也。郡城东，宁海之傍，山川环秀，为一方胜景，而圣墩祠在焉。墩上之神，有草而严者曰王，有哲而少者曰郎，不知始自何代;独为女神，壮者尤灵，世传通贤神女也。姓林氏，涓洲屿人。初，以巫祝为事，能预知人祸福;既股;众为立庙于本屿。圣墩去屿几百里。元x丙寅岁(1086年)，墩上常有光气夜现，乡人英知为何祥。有渔者就视，乃枯搓(同检)，笠其家，冀日自还故处。当夕编梦墩傍之民曰:"我淌洲神女，其枯搓实所凭，宜馆我于墩上。"父老异之，因为立庙，号曰圣墩......
元·洪希文
我昔缆舟谒江干，曾觏帝子琼华颜。
云涛激射雷电汹，殿阁□兀鱼龙间。
此洲山岛谁所构，面势轩豁规层澜。
壶山峙秀倒影入，乾坤摆脱呈倪端。
粉墙丹柱辉掩映，华表耸突过飞峦。
湘君小水幻灵骨，虞帝迹远何由攀。
银楼玉阁足官府，忠孝许人巫咸班。
帝怜遐陬杂鲸鳄，柄受水府司人寰。
五云殿邃严侍卫，仙衣法驾朝天关。
危樯出火海浪破，神鬼役使忘险艰。
灵旗毵□广乐振，长风万里翔虬鸾。
平洲远屿天所划，古庙不独夸黄湾。
至人何心恋桑梓，如水在地行曲盘。
升阶再拜荐脯藻，不以菲薄羞儒酸。
日谈书史得少瑕，石桥潜渡凭雕栏。
诗成不觉肝胆醒，松桧蓊桧鸣玦环。
骑鲸散发出长啸，追逐缥缈乘风还。
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