几乎得到全民族支持的南明抗清斗争，失败的原因在哪里？原因就在自明朝北京政府覆灭后，始终没有形成一个强有力的中央政府，能号令各抗清势力，以至于自此开始的明朝始终陷入内战中不可自拔，被清朝利用汉奸军队逐个攻破。

首先左良玉在清军南下的关键时刻，以“清君侧”为名发起了对弘光的内战，为此马士英急调原本防清的明军迎战左逆，以至扬州轻易失守。而被弘光政府寄予厚望的江北四镇，高杰被许定国诱杀，黄得功被明军叛徒所杀，刘泽清与刘良佐降清。

此时失去长江防线的明朝面临的是唐鲁之争，中间还夹杂着靖江王之变。唐鲁谢幕后，皇室继统问题再次提上日程，随后是桂唐内讧。等好不容易桂王成为独一无二的明朝君主，这时候拥明主力之一原大西军首领孙可望又想篡位自立为帝，而李定国坚持拥明，双方火拼后失败的可望降清，尽以明西南详情告之清方。

而此时拥明的另一势力明郑，朱成功在听闻永历帝死亡以及儿子与乳母私通双重打击下，英年早逝。郑经与其他不服的将领交战后，统领明郑。等郑经死后，冯锡范为拥护郑克爽即延平王位，又发动政变，诛杀郑经长子，明郑再次发生内乱，面对汉奸施琅带领的清军，最终投降。

可见整个南明时期，内讧是伴随着这个政权始终的，也是导致明朝最终被清灭亡的最关键原因。